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综述梳理AI在空间转录组学中的方法、数据集与方向

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AI 综述

一篇发表于 Briefings in Bioinformatics 的综述系统梳理了人工智能在空间转录组学(ST)分析流程中的方法、数据集与工具资源。ST 在测量基因表达的同时保留转录本或细胞在组织切片中的位置,可用于分析组织异质性、细胞组织和潜在细胞间互作,已应用于癌症、神经科学、生殖生物学和植物生物学等领域。 综述按分析环节评估了从图像与测序数据预处理、图像分割、空间域识别到空间分析和 LLM 辅助解读的统计、机器学习和深度学习方法,并汇总了数据集、AI 分析框架和 ST 数据分析流程等资源,同时讨论了当前挑战、局限与未来方向。

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10月19日
  1. Briefings in Bioinformatics
    人工智能在空间转录组学中的应用:方法、数据集与方向综述

    这篇综述系统梳理了人工智能在空间转录组学(ST)分析流程中的方法、数据集与工具资源。ST 在测量基因表达的同时保留转录本或细胞在组织切片中的位置,可支撑组织异质性、细胞组织和潜在细胞间互作分析,已应用于癌症、神经科学、生殖生物学和植物生物学等领域。综述评估了从图像与测序数据预处理、图像分割、空间域识别到空间分析和 LLM 辅助解读各环节的统计、机器学习和深度学习方法,并汇总了数据集、AI 分析框架和 ST 数据分析流程等关键资源,同时讨论了当前挑战、局限与未来方向。

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