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69例胶质瘤单细胞与空间图谱揭示IDH差异

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AI 综述

一项研究整合scRNA-seq、snRNA-seq与Visium空间转录组,对69例成人型弥漫性胶质瘤(44例GBM、17例星形细胞瘤、8例少突胶质细胞瘤)构建状态分辨的单细胞与空间图谱。scRNA-seq获得563,798个高质量细胞,snRNA-seq获得75,132个高质量细胞核,整合后638,930个细胞被注释为15种主要细胞类型。 恶性细胞被分为七种转录状态:GBM显著富集ALPC、缺氧和G2/M增殖状态,IDH突变型肿瘤以少突和神经-少突状态为主,且非肿瘤细胞比例更低。 空间分析覆盖10例GBM样本,其中7例同时具备sc/snRNA-seq与空间数据、3例仅空间数据;因snRNA-seq中T/NK细胞有限(几乎无NK细胞),T/NK分析基于scRNA-seq。

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10月25日
  1. 公众号:生信菜鸟团
    69例弥漫性胶质瘤单细胞与空间图谱揭示IDH相关差异

    一项研究整合scRNA-seq、snRNA-seq与Visium空间转录组,对69例成人型弥漫性胶质瘤(44例GBM、17例星形细胞瘤、8例少突胶质细胞瘤)构建状态分辨的单细胞与空间图谱。scRNA-seq获得563,798个高质量细胞,snRNA-seq获得75,132个高质量细胞核,整合后638,930个细胞被注释为15种主要细胞类型。恶性细胞被分为七种转录状态,GBM显著富集ALPC、缺氧和G2/M增殖状态,IDH突变型肿瘤以少突和神经-少突状态为主且非肿瘤细胞比例更低。

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