DirectClean：direct-cDNA 伪影感知预处理与读段救援框架

DirectClean 作者团队发布了一个面向 Oxford Nanopore direct-cDNA 转录组测序的伪影感知预处理与读段救援框架 DirectClean，整合链方向判定、伪影去除和对可恢复嵌合读段的连接位点拆分。作者称，direct-cDNA 在逆转录和建库中会产生折返倒位、异常引物构型、内部接头串联体和同聚物介导的模板转换等嵌合伪影，而现有方法主要处理引物方向和接头检测，常把仍含可用转录序列的读段丢弃。 作者称，在四个 direct-cDNA 数据集上的基准测试中，DirectClean 的读段和碱基保留率均高于 Pychopper；半合成验证显示其能准确救援与接头相关及 A/T 富集的嵌合读段，匹配的真实数据分析则显示拆分来源读段相对未处理读段并未富集新转录本模型。作者称该框架可复现、公开可用，能提高下游异构体和融合分析的可靠性。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。