stFormer空间转录组基础模型发布
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stFormer空间转录组基础模型发布
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AI 综述
中国科学院过程工程研究所、上海大学和上海交通大学的研究人员在Cell Reports Methods在线发表stFormer，一种面向空间转录组数据的Transformer模型。该模型通过交叉注意力机制整合空间配体基因信号，并推导出偏置交叉注意力公式，以统一不同分辨率和基因覆盖范围的空间转录组平台。 研究从公开人类Visium数据集中汇集约410万个空间样本构建预训练语料库，使模型能在全转录组覆盖但分辨率较低的Visium数据上以单细胞分辨率学习，并兼容单细胞分辨率和低分辨率数据。 在两项案例研究中，作者称stFormer成功刻画了人类发育中皮层区域的分层结构，并识别出在免疫浸润的肿瘤微环境中激活T细胞免疫的抗原呈递基因。
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最新进展10月22日 14:30
stFormer将空间配体信号整合进空间转录组基础模型报道时间线
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10月22日
- 公众号：BioArtMEDstFormer将空间配体信号整合进空间转录组基础模型
中国科学院过程工程研究所、上海大学和上海交通大学的研究人员在Cell Reports Methods在线发表stFormer，一种面向空间转录组数据的Transformer模型，通过交叉注意力机制整合空间配体基因信号，并推导出偏置交叉注意力公式以统一不同分辨率和基因覆盖范围的空间转录组平台。研究从公开人类Visium数据集中汇集约410万个空间样本构建预训练语料库，使模型可在全转录组覆盖但分辨率较低的Visium数据上以单细胞分辨率学习，并同时兼容单细胞分辨率和低分辨率数据。
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