maasMDS 多芯片祖源特异性多维缩放框架发布
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maasMDS 多芯片祖源特异性多维缩放框架发布
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AI 综述
Bioinformatics Advances 作者团队发布 maasMDS 框架,将局部祖源掩蔽与距离校准结合,在整合不同基因分型阵列样本的同时解析指定祖源成分内部的群体结构。该方法在嵌入前基于共享观测位点校准祖源特异性成对距离,以缓解阵列驱动的聚类,且无需丢弃大量变异;作者称其比事后 Procrustes 对齐或标准插补协调更忠实地解析精细关系。 在 Indigenous American 队列分析中,作者报告 maasMDS 恢复了与地区殖民史一致的少数欧洲祖源片段的次大陆来源,并揭示墨西哥和中美洲原住民群体内的地理渐变,而这些在不限制祖源或不做多阵列校正时会被掩盖。 maasMDS 已在 snputils 包中实现,提供 Python API 和 CLI,源代码发布于 GitHub。
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最新进展10月19日 19:21
maasMDS:面向混合基因组精细结构的多样本阵列祖源特异性多维标度方法报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
10月19日
- Bioinformatics AdvancesmaasMDS:面向混合基因组精细结构的多样本阵列祖源特异性多维标度方法
maasMDS 是一个结合局部祖源掩蔽与距离校准的框架,可在整合不同基因分型阵列样本的同时解析指定祖源成分内部的群体结构。该方法在嵌入前基于共享观测位点校准祖源特异性成对距离,从而缓解阵列驱动的聚类,且无需丢弃大量变异,比事后 Procrustes 对齐或标准插补协调更忠实地解析精细关系。在 Indigenous American 队列分析中,maasMDS 恢复了与地区殖民史一致的少数欧洲祖源片段的次大陆来源,并揭示墨西哥和中美洲原住民群体内在地理梯度上的渐变,而这些在不限制祖源或不做多阵列校正时会被掩盖。
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