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BiGGViz:MATLAB 代谢网络可视化应用发布

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AI 综述

作者团队开发并发布了 BiGGViz,一个基于 MATLAB 的应用,用于交互式可视化与探索 COBRA 兼容的 BiGG 代谢模型。它自动构建反应-反应和代谢物-代谢物图,支持在反应中心与代谢物中心视图间切换、自定义节点外观、基于拓扑的过滤、局部邻域查看、按跳数扩展高亮通路,并可导出可视化结果或网络结构用于下游分析。 可选注释表可叠加用户自定义属性与 COBRA 分析结果,包括通量平衡分析(FBA)结果,作者称这能实现通量感知的探索。 该应用以 MATLAB 实现,在 GitHub 上免费提供;浏览器端文档和入门教程也已上线。

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报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

11月4日
  1. Bioinformatics Advances
    BiGGViz:用于可视化基因组尺度 BiGG 代谢网络的 MATLAB 应用

    BiGGViz 是一个基于 MATLAB 的应用,用于交互式可视化与探索 COBRA 兼容的 BiGG 代谢模型。它自动构建反应-反应和代谢物-代谢物图,支持在反应中心与代谢物中心视图间切换、自定义节点外观、基于拓扑的过滤、局部邻域查看、按跳数扩展高亮通路,并可导出可视化结果或网络结构用于下游分析。可选注释表可叠加用户自定义属性与 COBRA 分析结果,包括通量平衡分析(FBA)结果,从而实现通量感知的探索。

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