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SpatialROI 空间转录组交互分析平台发布

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AI 综述

SpatialROI 作者团队发布交互式 R Shiny 平台 SpatialROI，用户可在 H&E 图像上直接圈定感兴趣区域（ROI）并完成靶向分析，无需编程。平台支持 10x Visium 的 Space Ranger 原始输出和预处理 Seurat 对象，内置 ROI 绘制、基因集与通路可视化、配体–受体共定位、细胞类型解卷积、spot 聚类、差异表达、样本内分组比较和多样本 ROI 比较共八个分析模块。 ROI 可导出为 Seurat 对象或可复用的 spot 索引文件，便于非计算背景用户按组织形态学结构开展区域感知的空间转录组探索。平台免费开放，源代码与示例数据集已公开。

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报道时间线

沿着报道，了解事件的不同侧面。

11月6日

20:57
Bioinformatics Advances
SpatialROI：在 H&E 图像上自定义感兴趣区域的空间转录组交互分析 R Shiny 平台
SpatialROI 是一个可在 H&E 图像上直接圈定感兴趣区域（ROI）并完成靶向分析、无需编程的交互式 R Shiny 平台。它支持 10x Visium 的 Space Ranger 原始输出和预处理 Seurat 对象，内置 ROI 绘制、基因集与通路可视化、配体–受体共定位、细胞类型解卷积、spot 聚类、差异表达、样本内分组比较和多样本 ROI 比较共八个分析模块。ROI 可导出为 Seurat 对象或可复用的 spot 索引文件，便于非计算背景用户按组织形态学结构开展区域感知的空间转录组探索。平台免费开放，源代码与示例数据集已公开。

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