AlphaFold3 伪系综可判断短淀粉样肽的 β 折叠取向与结构多样性

研究检验了 AlphaFold3（AF3）生成的模型集合（伪系综）能否用于短肽淀粉样纤维，结果显示它能较准确区分平行与反平行 β 折叠组织方式：在可给出明确偏好的 117 条短淀粉样肽中正确判断 112 条。同时采样两种组织方式还能提示结构多样性，作者以多态性肽 MVGGVVIA 和 LYIQWL 为例说明。研究也指出局限：对精确立体拉链结构的建模可靠性较低，且偏向紧凑排布；在共溶剂和金属离子存在下的预测未能重现溶剂介导的界面或非经典配位几何。作者认为 AF3 虽未完全刻画淀粉样组装体的物理化学复杂性，其伪系综仍可作为快速预测 β 折叠组织、识别潜在结构多样性序列的实用手段。