Anthony Gitter 表示读过 DRYLAB-Bench 后认为其提出的 Biosecurity Risk Score 不可解释，核心只是一个经过截断和归一化等调整的 z-score。他引用的介绍称，该基准用 ProteinGym 与 ViroGym 的 187,695 条深度突变扫描测量为设计打分，在 30 个生物安全场景中评估 agentic LLM 的迭代突变设计，并报告工具使用使汇总 BRS 从 0.359（S0）升至 0.475（S2）。
推荐理由：作者从统计构造角度质疑 DRYLAB-Bench 生物安全风险评分的可解释性，适合关注 AI 生物安全评测指标设计的读者。
Scripps Research 从 Jen-Hsun and Lori Huang Foundation 获得 1400 万以上算力小时。该资助由 @WardLab1 牵头，同时支持 @bryanbriney 和 @ForliLab 开展虚拟人体免疫系统与“暗”蛋白质组研究，并使用 @_chrisgparker_ 和 Benjamin Cravatt 的数据。
在果蝇中，过表达的 Dcp-1（而非 Drice）可在缺乏经典凋亡体组分的情况下被激活，TurboID 邻近标记显示 Sirtuin 1 及 Debcl、Buffy 等自噬相关基因是 Dcp-1 激活所必需。AlphaFold3 结构预测将自噬调控的凋亡抑制因子 Bruce 鉴定为 Dcp-1 特异性调控因子，且 Bruce 在生理条件下抑制翅组织生长。
研究提出 MBFGNK，一个用于多肽毒性预测的可解释多模态几何学习框架，融合预训练蛋白语言模型的序列表征、基于等变图神经网络（EGNN）的 3D 结构特征，以及刻画全局、局部与残基协同作用的理化超图表征。
APR-Score 是一种基于机器学习的计算方法，用于识别蛋白序列中易发生聚集的区域，并综合序列与结构特征进行预测。该方法经训练集交叉验证和独立测试集验证，在区分聚集倾向区域与非聚集区域时取得 MCC 0.77、精确率 0.89、F1 0.87。工具代码已在 https://github.com/TII-BRC/APR-Score 开放。
Nikolai Slavov 认为，是时候从"mRNA 与蛋白水平不相关"这一说法转向了；他在引用推文中指出该说法过于薄弱，尤其缺乏独立测量与可靠性考量，并推荐了关于蛋白丰度调控直接测量的预印本（DOI: 10.1101/2025.02.10.637566）。
Institute for Protein Design 开发的结构生物学工具互操作统一框架 Chaperone 已在 Rosetta Commons 的 GitHub 组织下开放使用。该框架用于让结构生物学工具之间互通，便于搭建自定义的蛋白设计流程。
顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表研究，以铜绿假单胞菌伴侣蛋白 GroEL 同时作为自组装纳米支架和保护性抗原，构建 reGroEL-PO 纳米疫苗。
2026年10月15日，丹麦奥胡斯大学 Kasper Røjkjær Andersen 团队在 Science 发表研究，以百脉根和苜蓿为对象解析 CHIP 受体家族识别几丁质寡聚体的结构基础，发现其特有的桥接结构域像卡尺一样对长链几丁质实现高亲和力、尺寸选择性识别，且该结构域是启动几丁质免疫所必需；亲和力不高的 CERK 类受体则作为共受体参与信号传递。
经典分子动力学模拟显示，MBD2 从目标位点下游一个碱基对位置在微秒内迁移至甲基化 CpG 靶位点，并结合为两种稳定构象：一种接近 X 射线晶体结构，另一种亲和力降低但保持对 mCpG 的选择性。S189 被确定为关键宏观开关，其与甲基胞嘧啶骨架相互作用的丧失使平衡偏向次态；S189A 突变体模拟、NMR 与荧光偏振实验均支持该突变不改变 mCpG 选择性但降低结合亲和力。
研究结合 X 射线晶体学、淬灭流动力学和分子动力学模拟发现，瑞德西韦（RDV）核苷酸从产物链 −3 位转位到 −4 位并完成后续催化的复合速率，比腺苷在肠道病毒 RdRP 上至少慢 100 倍。
PAZy 塑料活性酶数据库发布扩展版本，收录超过 450 个经实验验证能作用于合成或生物基塑料的酶，并补充更详细的元数据与更广的底物覆盖。新版改为关系型数据库，引入大语言模型辅助整理活性数据，网页界面支持按蛋白或塑料底物浏览，并提供公开 REST API 供程序化调用。该资源用于区分实验验证的塑料活性酶与仅计算预测的候选，可免费访问 https://www.pazy.eu。
包括戴维·贝克在内的团队开发出生成式AI系统 RFdiffusion3（RFD3），可直接从原子层面设计蛋白质和核酸，生成蛋白质结构的速度约为前代系统 RFdiffusion2 的10倍。在41个已有酶的活性位点计算测试中，RFD3 有37个案例的设计表现优于 RFdiffusion2；实验上设计出可分解对氧磷的酶和可切割特定肽段的蛋白酶，均完成预期化学反应。设计范围还扩展到 RNA 等核酸分子。
推荐理由：RFD3 把蛋白质设计条件细化到原子位置和氢键，并给出与前代的速度和活性位点对比，可据此判断原子级设计的能力边界。
顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表封面研究，以铜绿假单胞菌保护性抗原 GroEL 为自组装纳米支架、展示 PcrV-OprI 融合抗原 rePO，构建 reGroEL-PO 纳米疫苗。
华中农业大学张帅、浙江大学朱成梁和上海交通大学医学院附属瑞金医院何吓俤等团队在Angew发表论文，开发维生素C生物正交探针平台研究赖氨酸维C化修饰。团队合成炔丙基报告探针VC-1及O-乙酰化前体探针VC-2，用VC-2开展活细胞定量化学蛋白质组学，获得1615个竞争敏感的维C化候选靶标，并在FTO、ALDH1B1、GSTO1、IMPDH1等蛋白上鉴定到探针来源的赖氨酸加合物。
研究发现，dITP 并非通过简单的构象变化激活 Kongming（Kom）系统的 KomBC 复合物，而是通过改变其组装平衡来实现。没有 dITP 时，KomBC 在紧密堆积的寡聚体和松散堆积的纤维之间处于平衡，两者均无活性；dITP 结合到 KomB 后，稳定纤维中紧密堆积的 KomC 核心并让催化残基对齐，从而激活 NAD⁺ 水解。
Nikolai Slavov 指出，大规模质谱数据集与 AI 模型可以很有用，但规模不能替代严谨性。大型模型应与任何方法一样接受既定标准检验，包括简单基线和公平的对照比较。这是该领域赢得信任并向前推进的方式。
Netanel Tzarum 开发出一种基于瞬时毒素中和的模块化重组生产平台，可对高毒性细菌蛋白进行可扩展的表达与纯化，结合天然毒素-抗毒素系统实现中和。该方法适用于毒素-抗毒素及效应物-免疫系统研究，成果已发表于 Microbial Biotechnology。
研究提出一套计算–实验整合流程，用于在数据稀缺条件下优先筛选、表征并建模真菌非特异性过氧化物酶（UPO）。从 3000 多条候选序列中筛出 59 个推定 UPO，在大肠杆菌中分两批表达并用比色底物检测，得到 27 个表达与活性一致的 UPO；随后用 15 个新 UPO 和 4 个参考酶对 27 种底物做活性筛选，构建酶–底物活性数据集。
利用多构象连续静电（MCCE）方法，计算了9个激酶结构域与18种FDA批准抑制剂在37个共晶结构中的质子化与互变异构分布，全流程重复三次并给出运行间不确定度。结果显示蛋白净电荷与质子分布基本稳定，而抑制剂电荷在结合后频繁增减；结合使低能态（ΔG < 2.8 kcal/mol）相对概率发生移动，但不提高高能态概率。
Shawn Zheng 主导 Biohub 简化冷冻电子断层扫描（cryoET）的工作，可在近原子分辨率下对细胞进行三维成像。其团队开发的 AreTomoLive 能实时自动完成 cryoET 重建与去噪，将处理时间从数月缩短到数天。
研究在泛素 E1 抑制剂 TAK-243 存在下开展全基因组 CRISPR 敲除筛选，鉴定出 239 个基因，敲除这些基因会使细胞对泛素化阻断更敏感。后续分析显示，核蛋白 HAPSTR1 将 E3 连接酶 HUWE1 招募到染色质，维持染色质相关蛋白组的稳定，而 HAPSTR1 自身在细胞周期进程中被 HUWE1 降解。
David Baker 团队组合 RFdiffusion2 的 RFD2-MI、ProteinMPNN、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 从头设计半胱氨酸蛋白酶与锌蛋白酶，两项结果分别发表于 Nature。
推荐理由：两篇 Nature 论文用 RFdiffusion2、ProteinMPNN 与 AlphaFold 3 组合从头设计蛋白酶，并给出实验验证的成功率与提速幅度。
Rosetta Commons Toolkit 关于 RFOptimization（RFO）的网络研讨会回放已发布在 YouTube。IPD 的 Tuscan R. Thompson 在研讨会中介绍了 RFO 这一通过序列优化改进现有蛋白质设计的工具。
应激颗粒处于蛋白稳态网络的交叉点，该网络通过蛋白合成、质量控制和降解机制（包括分子伴侣等）协同守护蛋白质组以维持细胞功能。
研究用分子动力学模拟、炼金术自由能计算与 QM/MM 方法，在原子层面刻画了细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 活性位点中 Ga3+ 替换 Fe3+ 的过程。模拟显示 heme B 辅因子的轴向配位环境在金属替换后基本保持，远端配体在组氨酸与配位水分子之间动态切换。自由能计算表明该替换在热力学上有利，为铁模拟抗菌剂的理性设计提供了机制依据。
Nature Methods 发表综述，梳理荧光蛋白工程与荧光生物传感器设计的最新进展，重点讨论提升光稳定性与延长波长的思路，并以 mScarlet 为案例。文章还总结筛选、定量成像、空间分辨率与多重检测方面的改进，并展望下一代荧光蛋白与生物传感器的发展方向。
可变剪接通过微调模块化蛋白界面来调控蛋白定位，相关成果发表于 Nature Structural & Molecular Biology。该研究将可变剪接与蛋白定位控制联系起来，具体机制与数据细节原文未展开。
Kresten Lindorff-Larsen 提到 Richard Kriwacki、Peter Wright 等人关于 p21 在游离态与 Cdk2 结合态下结构研究的 IDP 论文发表于30年前的今天，该研究显示构象无序介导结合多样性。
Google DeepMind 发布 Google Antigravity 智能体科研工作台，把跨数据库检索、结构评估和候选优先级排序压缩到单次会话中。文中演示了研究者与智能体协作，在 Streptococcus pseudopneumoniae 中找到一个预测对呼吸道感染相关病原体有活性的新型抗菌肽候选，该候选目前正在进行湿实验验证。
推荐理由：Google Antigravity 把跨库检索、结构查看与功能预测放进同一会话，展示了抗菌肽候选的发现流程。
Frances Arnold 展示了团队通过定向进化开发的新酶活性，可利用羟胺对芳香族原料进行伯胺化；其学生 Kathleen Sic 的引用推文补充该工作已发表于 ACS Central Science。
研究提出自动化框架 HDOCK-Multimer（HDM），将从头对接与组合组装结合用于大型蛋白复合物结构预测。在三个基准评测中，HDM 在大型蛋白组装建模上的准确度和稳健性优于现有组装方法和基于深度学习的方法。
研究提出 TraSPIN，一个几何深度学习框架，同时建模转运蛋白蛋白与小分子底物，用于推断底物特异性。作者称其在基准上优于现有方法，可泛化到未见底物和序列差异较大的转运蛋白，并揭示转运蛋白与底物识别的结构决定因素和序列基序。跨物种推断和对未表征 solute carrier 蛋白的去孤儿化进一步展示了该框架在功能注释上的用途。
Cai 等人提出 Apus，一个把质谱原始数据采集、分析与质量控制整合在一起的端到端方案，可从原始质谱数据自动完成分析直至生物学解读。作者指出，大队列蛋白质组学目前受困于数据采集、分析和质控相互割裂的工作流，Apus 试图通过整合这些环节实现主动式质量管理。
ROMET-RNA 是一个自动化基准评测框架与元选择工具包，在标准化流程中评测 11 个 RNA 结构预测器，并比较 rMSA、RNAcmap3 MARS 和 Infernal RNAcentral 三套 MSA 流程。
Chan Zuckerberg Biohub 的 Shawn Zheng 团队开发了 AreTomoLive，可实时自动化冷冻电子断层扫描（cryoET）的重建与去噪，把处理时间从数月缩短到数天。该工具面向能在近原子分辨率下三维成像细胞结构的技术，相关介绍来自 SBGrid 的人物档案。
LoL-align 在 Nature Methods 发表，可在不做叠合（superposition）的情况下比对蛋白结构。作者称其比 TM-align 和 DALI 更敏感、比对结果更好，速度快 5–20 倍，现已集成到 Foldseek，代码在 GitHub 的 steineggerlab/foldseek 仓库，并提供 search.foldseek.com 在线服务。
推荐理由：新方法不做叠合即可比对蛋白结构，并给出与 TM-align、DALI 的敏感性和速度对比，可据此判断是否替换现有流程。
LoL-align 是一种基于距离的概率蛋白结构比对算法，通过迭代优化局部对数几率评分来判断蛋白同源性。作者报告，在单结构域和多结构域基准上，它检测远源同源蛋白的灵敏度明显高于 TM-align 和 Dali，比对质量更好，速度是二者的 5–20 倍，并已完整集成到 Foldseek 中。
推荐理由：新方法以局部对数几率评分做蛋白结构比对，在远源同源检测上比 TM-align 和 Dali 更灵敏且快 5–20 倍。
MassNet 发布面向 AI 的质谱蛋白质组学数据语料库，包含来自 35 个物种、高质量 DDA 质谱数据的 15 亿张串联质谱图，其中约 170 万个肽前体来自人类样本。
推荐理由：该语料库覆盖 35 个物种的 15 亿张质谱图，并配套标准化存储格式，为质谱蛋白质组学的深度学习提供了可复用的数据底座。
HDOCK-Multimer（HDM）是一个整合对接与组合组装的框架，用于预测大型蛋白复合物结构，在 35 个大型异源复合物、172 个大型蛋白复合物和 7 个 CASP15 靶点三个基准上优于 CombFold、MoLPC、AlphaFold-Multimer 和 AlphaFold3。
推荐理由：面对多链组合空间过大的难题，该框架把对接与组合组装结合，在三个基准上超过现有方法。