Nicheformer：整合1.1亿细胞预训练的单细胞与空间组学基础模型

生信菜鸟团介绍了基于 Transformer 的基础模型 Nicheformer，它整合超过 1.1 亿个细胞的单细胞与空间转录组数据预训练，学习与空间微环境相关的细胞特征，并把空间信息迁移到缺乏空间坐标的常规单细胞数据。预训练语料中，解离单细胞部分共 5,706 万细胞，来自 6,000 多个供体、17 个实体器官；空间部分共 5,383 万细胞，来自 MERFISH、Xenium、CosMx、ISS 四种图像型技术，脑细胞占 60.46%。