Nicheformer：1.1亿细胞预训练的单细胞与空间组学基础模型

Nicheformer 作者团队提出并预训练了基于 Transformer 的基础模型 Nicheformer，整合超过 1.1 亿个细胞的单细胞与空间转录组数据，学习与空间微环境相关的细胞特征，并把空间信息迁移到缺乏空间坐标的常规单细胞数据。 预训练语料分两部分：解离单细胞 5,706 万细胞，来自 6,000 多个供体、17 个实体器官；空间部分 5,383 万细胞，来自 MERFISH、Xenium、CosMx、ISS 四种图像型技术，脑细胞占 60.46%。语料设计同时容纳人和小鼠。 据该介绍，预训练时刻意没有纳入细胞的物理坐标，也没有显式建模邻居图，空间关系只被表达间接学习；领域内还缺乏统一的标准化 benchmark。

AI 根据报道生成 · 45 分钟前更新

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。