SERNAlign：用结构序列比对含任意假结的 RNA 二级结构

研究提出用整数序列表示含任意假结的 RNA 二级结构，称为结构序列，并在此基础上定义 SERNA 距离，即在经典编辑距离上加入结构正确性约束的扩展，并证明其满足度量性质。作者发布开源工具 SERNAlign，用动态规划以二次时间复杂度计算该距离。评估采用基于聚类的框架，包含两项实验：对实验验证的假结模体进行分类，直接对应 SERNA 的设计目标；以及对核糖体 RNA 做系统发育聚类，作为对现有结构距离的稳健性检验。两项任务中 SERNA 的聚类表现与当前主流比较方法相当，在复杂模体场景下区分度更好，计算开销显著低于基于结构的比对方法。