scfdr：用经验贝叶斯控制稀疏相关矩阵的 FDR
研究提出一种基于经验贝叶斯框架的阈值策略，在构建稀疏相关矩阵时控制非零相关中的 FDR，并估计非零相关里的预期假阳性数。该方法兼容任意相关度量，作者称其在保留真实生物学相关上比基于 Frobenius 范数最小化的交叉验证阈值更灵敏；相关 R 包 scfdr 已在 github.com/ariefgusnanto/scfdr 开放。
#开源/仓库
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分5252 APR-Score：识别并评分蛋白序列中易聚集区域的机器学习方法
APR-Score 是一种基于机器学习的计算方法，用于识别蛋白序列中易发生聚集的区域，并综合序列与结构特征进行预测。该方法经训练集交叉验证和独立测试集验证，在区分聚集倾向区域与非聚集区域时取得 MCC 0.77、精确率 0.89、F1 0.87。工具代码已在 https://github.com/TII-BRC/APR-Score 开放。
公众号：生信技能树AI 评分2727 AI生信绘图：选择 SKILL 还是 MCP 形态？
生信技能树正尝试用 MCP 形态做开源生信绘图工具，此前其 Bizard SKILLS 已初步支持 MCP 功能。作者对比指出，SKILL 提供操作手册、由 AI 每次自行生成脚本，稳定性不足；MCP 直接调用外部程序与脚本，绘图更快。首版 MCP 已可安装，用自有数据不到一分钟即可出图，并附 index 网页展示与一键复制提示词，目前仍在群内内测。
Bluesky：Martin Pacesa (@martinpacesa.bsky.social)AI 评分5858 BindCraft2 v1.0.4 发布，改进 VHH、scFv 与诱导契合靶向设计
BindCraft2 v1.0.4 已发布，显著改进了 VHH、scFv、ARP 和诱导契合（induced fit）靶向设计，同时提升了运行速度和代码稳定性。作者建议此前失败的困难设计任务可以重新尝试，并致谢 @erikmaeots、Leonardo Tredese 和 @liza-ch 的工作。
Cathy TieAI 评分4242 Cathy Tie 等人构建开源天然遗传等位基因全球图谱
Cathy Tie 表示与几位朋友共同构建了一个开源的自然发生遗传等位基因全球图谱，并征求将其用于预测药物反应、生物防御模拟或精准临床试验的方向建议。
allen instituteAI 评分5555 Allen Institute 发布开放数据集，用 1000 多个 PyTorch 神经元模型拟合真实小鼠和人类细胞
Allen Institute 发布一个开放数据集，将 1000 多个可直接用于 PyTorch 的神经元模型拟合到真实的小鼠和人类细胞上。帖子指出，AI 神经元依赖简单的数学运算，而真实神经元要复杂得多；类脑的多样性是否能让 AI 更好仍是开放问题，但这一数据集让该问题变得可测试。
Genome BiologyAI 评分5858 ROMET-RNA 用多预测器与比对策略评测并筛选 RNA 三维结构
ROMET-RNA 是一个自动化基准评测框架与元选择工具包，在标准化流程中评测 11 个 RNA 结构预测器，并比较 rMSA、RNAcmap3 MARS 和 Infernal RNAcentral 三套 MSA 流程。
biohubAI 评分5858 Chan Zuckerberg Biohub 团队开发 AreTomoLive，将 cryoET 重建与去噪缩短到数天
Chan Zuckerberg Biohub 的 Shawn Zheng 团队开发了 AreTomoLive，可实时自动化冷冻电子断层扫描（cryoET）的重建与去噪，把处理时间从数月缩短到数天。该工具面向能在近原子分辨率下三维成像细胞结构的技术，相关介绍来自 SBGrid 的人物档案。
Bioinformatics AdvancesAI 评分4242 pycircdb：面向计算工作流的整合型 circRNA 数据库注释工具
pycircdb 是一个 Python 命令行工具，可输入人类 circRNA 基因组坐标，快速查询多个经整理的 circRNA 数据库并输出可复现注释。各数据库已统一为 0-based 表示并在 hg19 与 hg38 组装间交叉映射，兼容 0-based 和 1-based 坐标输入，采用容错匹配策略。
BioinformaticsAI 评分5858 Seumetry 发布开源 R 工具包，衔接 Seurat 分析高维流式与质谱流式数据
Seumetry 是一个开源 R 工具包，把流式与质谱流式数据的专用分析方法与 Seurat 的单细胞 RNA 测序分析能力结合起来。它提供高级质控、可视化和细胞群体丰度与蛋白表达的差异分析，作者用自建的人肠道不同层免疫细胞数据集验证其能识别不同免疫细胞群体，并在公开数据集上与人工门控结果一致。
Nextflow：GitHub ReleasesAI 评分1818 Nextflow 26.10.0 发布
Nextflow 发布 26.10.0，弃用流程 `when` 段并改用 `process.when` 配置，同时为 grid 执行器新增运行级 cpus/memory 限制。该版本修复 Google Batch 500+ 任务数组状态轮询与缓存匹配问题，并升级 nf-amazon 3.12.0、nf-google 1.29.0、nf-tower 1.32.0 等插件。
BioinformaticsAI 评分5252 hpci 将 CI 平台与 HPC 集群集成以提升计算生物学研究的可复现性
hpci 是一个平台无关的开源工具，把 GitHub Actions、GitLab CI 等 CI 平台与 Slurm、PBS 等常见 HPC 作业调度器集成，用于自动测试分析流程和模型。
BioinformaticsAI 评分5555 PhyloZoo：Python 系统发育网络分析统一框架发布
PhyloZoo 是一个开源 Python 框架，用于系统发育网络分析，提供覆盖该领域主要网络表示的数据结构与算法、专用可视化工具，以及对主要系统发育文件格式的 I/O 支持。
BioinformaticsAI 评分5252 ProDTI：用先验引导的正样本-未标注学习提升药物-靶点相互作用预测
ProDTI 是一个先验引导的正样本-未标注（PU）学习框架，用于药物-靶点相互作用（DTI）预测，作者称其在五个基准上稳定优于现有基线。该框架把显式生化相似性与大规模预训练模型的隐式语义表示组合成混合先验，驱动软标签蒸馏以稳定优化轨迹，并用硬锚点正则惩罚可靠负样本、锐化决策边界。
Seurat：GitHub Releases精选AI 评分7272 Seurat v5.6.0 发布，新增线程控制并加速核心分析步骤
Seurat 发布 v5.6.0，新增 setThreads 和 getThreads 控制支持的 C++ 内核与 uwot UMAP 后端线程。
推荐理由：新版本把归一化、降维、聚类和整合等常用步骤改为多线程 C++ 实现，并修复了 BPCells 磁盘型数据的打分问题，做单细胞分析的读者可据此判断是否升级。
Bluesky：Merlin Lange (@merlinlange.bsky.social)AI 评分1818 napari-clusters-plotter 0.11.0 发布
napari-clusters-plotter 0.11.0 已发布，用于在 napari 中交互式探索数据集及其附带特征。该工具由 BiAPoL 维护，代码托管于 GitHub，发布者称其为自己的一个兴趣项目。
InstaDeepAI 评分4242 InstaDeep 开源 BenchMHC 框架
InstaDeep 宣布其开源 Python 框架 BenchMHC 已在 GitHub 上线，该框架用于复现、重训练和评估肽-MHC 呈递模型。
ColabFold：GitHub ReleasesAI 评分6262 ColabFold 1.6.3 发布：支持 pip 安装并新增接口评分
ColabFold 1.6.3 发布，现在可以完全通过 pip 安装，本地安装不再需要 conda，kalign、hhsearch 和 openmm 也可从 pip 获取。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3333 NEXCISION：从系统发育基因组 NEXUS 矩阵中精确切除坐标定义区域
NEXCISION 可从转置 NEXUS 矩阵中精确、经验证地切除坐标定义区域，避免人工编辑出错改变矩阵。该工具由 RhysWhite 发布在 GitHub（github.com/RhysWhite/nexcision），作者以预印本形式给出引用信息，并公开征集反馈。
Seurat：GitHub ReleasesAI 评分1515 Seurat v5.5.1 发布：RunUMAP 新增 uwot.init 参数并修复多项分析问题
Seurat 发布 v5.5.1，为 RunUMAP 新增 uwot.init 参数以自定义 UMAP 初始化方式。该版本修复了 PrepSCTFindMarkers 在多模型场景下因 theta 过滤错误导致部分有效基因计数为零的问题，并修正 FindClusters 传入多分辨率向量且指定自定义聚类名时元数据设置异常、PrepDR5 影响 v5 对象 RunPCA 时特征被误丢弃等缺陷。
Erik GarrisonAI 评分3434 Erik Garrison 提出用 Lean4 证明算法再移植 Rust
Erik Garrison 提出一种新做法：先用 Lean4 编写并证明算法，再移植到 Rust，并以 pangenome 项目中用于 dbg/syncmer 图到变异图转换的 overlap graph bluntifier 为例。
Barbara EngelhardtAI 评分4040 NeurIPS 2025：偏好引导扩散用于多目标科学发现
Barbara Engelhardt 在 NeurIPS 2025 展示其团队与 Yashas Annadani 等人合作的工作，提出 Preference-Guided Diffusion，利用离线数据集中的偏好对从扩散模型采样对应黑盒目标 Pareto 前沿的多样设计，并感谢 CIFAR 资助。