Science Advances·· 2 小时前精选AI 评分75
Decoder-FFPE-seq 实现存档组织单细胞分辨率全基因组空间转录组
Decoder-FFPE-seq enables sensitive, genome-wide spatial transcriptomics of archival tissues at single-cell resolution
AI 导读
研究团队提出 Decoder-FFPE-seq，一种面向 FFPE 存档组织的空间转录组方法，通过将 RNA 转 DNA 探针与印迹辅助条码（blotting-assisted barcoding）结合，实现单细胞分辨率和全基因组覆盖。在小鼠脑与存档人类样本的全转录组检测中，其灵敏度比现有平台提高超过 2.6 倍，可解析低丰度基因对应的细胞身份、更精细的组织结构和与预后相关的上皮-间质转化特征。扩展探针库后，该方法还能捕获长非编码 RNA 和病毒 RNA，并在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中揭示它们与 mRNA 的空间共调控网络。
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来源：Science Advances · doi.org
推荐理由
该方法把 RNA 转 DNA 探针与印迹辅助条码结合，在 FFPE 存档组织上兼顾单细胞分辨率与全转录组灵敏度，为回顾性队列的空间分析提供可迁移方案。