Decoder-FFPE-seq实现存档组织空间转录组

研究团队提出 Decoder-FFPE-seq，一种面向 FFPE 存档组织的空间转录组方法，将 RNA 转 DNA 探针与印迹辅助条码结合，实现单细胞分辨率和全基因组覆盖。 在小鼠脑与存档人类样本的全转录组检测中，该方法的灵敏度比现有平台提高超过 2.6 倍，可解析低丰度基因对应的细胞身份、更精细的组织结构和与预后相关的上皮-间质转化特征。扩展探针库后，该方法还能捕获长非编码 RNA 和病毒 RNA，并在口腔鳞状细胞癌中揭示它们与 mRNA 的空间共调控网络。 在口腔鳞状细胞癌免疫治疗队列中，研究团队分别在化疗免疫治疗前后样本中识别出两个 CD8+ T 细胞亚群，称其可能与治疗反应相关。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。