scBOA：用贝叶斯优化为单细胞分析流程选择参数以改进注释

作者提出 scBOA，一个两阶段框架，用贝叶斯优化按预设目标选择单细胞 RNA 测序分析流程的上游参数，再用选定配置重跑参考辅助分析。其可配置目标综合注释纯度、marker 一致性和转录组内聚性，可在精细与保守方案间调节，并可选支持低置信度细胞精修和多样本整合。作者在模拟数据以及人外周血单个核细胞、胰腺和成人心脏的 FACS 数据集上，将基于高斯过程的 scBOA 与 14 种参数选择和聚类策略比较，发现性能取决于目标、流程、参考层级与词表、共识标签构建和划分粒度。