小鼠研究：高龄父龄对胎儿脑基因表达的影响存在性别差异
东北大学研究团队对年轻（3月龄）与高龄（19月龄）雄鼠所孕小鼠胚胎的端脑进行RNA-seq，发现父龄对胚胎脑基因表达的影响因胚胎性别而异，高龄父龄雌性胚胎呈现独特的基因表达谱并倾向表达水平升高。研究按性别分别分析并控制发育时间窗以减少变异，数据发表于Scientific Data，为探究父龄与ASD风险的性别依赖机制提供资源。
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Medical XpressAI 评分2828 NatureAI 评分2222 微量LSD显示部分认知益处——但仅限女性
低剂量LSD对持续注意力的影响存在性别差异，女性显示出部分认知益处，男性则未见。该结果提示低剂量致幻剂的作用需按性别分别研究。
NatureAI 评分2020 为什么失败在科学界成了禁忌话题
失败是最好的老师之一，但在科学界却鲜有人愿意谈论。Nature 这篇文章探讨了科学界为何将失败视为禁忌话题。
NatureAI 评分2525 资深科研人员的“颠覆性”不如新手科学家，但他们的想法更持久
研究发现科学家的经验与其想法的持久影响力之间存在关联：资深科研人员提出的“颠覆性”想法少于新手科学家，但他们的想法更持久。
Nature精选AI 评分7171 Airscope 无线介观显微镜实现自由活动小鼠全皮层成像
研究团队发布 Airscope 无线介观显微镜，重 1.0 克，在 6 mm 视野内实现 4 μm 横向分辨率、12.5 Hz 成像。其非球面透镜设计使总光程比此前微型显微镜缩短 2.84 倍，单只动物可无缆记录超过 8,500 个神经元的钙信号，较此前提升 25 倍。
推荐理由：1.0 克无线介观显微镜把视野扩到 6 mm 并支持自由活动小鼠成像，为系统神经科学提供可迁移的硬件方案。
Bluesky：Vivek Mutalik (@vivekmutalik.bsky.social)AI 评分2727 CompoRes 工具揭示抗生素对宿主的直接作用
一项发表于 Nature Microbiology 的研究发现，抗生素并非只杀灭致病菌，还可能对宿主产生直接影响，为此开发了工具 CompoRes 用于识别这类宿主直接效应。
Medical XpressAI 评分7070 FAM193B启动子区CCG重复序列与阿尔茨海默病易感性相关
香港科技大学等机构的研究发现，FAM193B启动子区一段CCG重复序列的长度与阿尔茨海默病易感性相关，成果发表于Nature Neuroscience。
公众号：环球科学AI 评分5858 超级百岁老人体内富集CD4杀伤性T细胞，或与抗癌适应有关
日本大阪大学桥本浩介团队发现，110岁及以上老人体内CD4细胞毒性T淋巴细胞（CD4 CTLs）占比达18%，百岁老人约10%，低于100岁者约4%。研究招募28名受试者（8位70-90岁、10位100-109岁、10位110岁以上），部分百岁老人样本中单个克隆系占CD4 CTLs的53.8%，约30个受体序列与癌症患者数据库匹配，以肺癌最常见。
Nucleic Acids ResearchAI 评分3333 MBD2 蛋白识别甲基化 CpG DNA 的双稳态平衡机制
经典分子动力学模拟显示，MBD2 从目标位点下游一个碱基对位置在微秒内迁移至甲基化 CpG 靶位点，并结合为两种稳定构象：一种接近 X 射线晶体结构，另一种亲和力降低但保持对 mCpG 的选择性。S189 被确定为关键宏观开关，其与甲基胞嘧啶骨架相互作用的丧失使平衡偏向次态；S189A 突变体模拟、NMR 与荧光偏振实验均支持该突变不改变 mCpG 选择性但降低结合亲和力。
科学网AI 评分6262 哈佛 Wyss 研究所开发基于基因表达的衰老时钟，筛出 SRSF1 使小鼠寿命延长 14%
美国哈佛大学 Wyss 研究所团队开发出基于基因表达的新型衰老时钟，并用它筛出基因靶点 SRSF1，动物实验中老年小鼠寿命延长 14%，成果发表在《自然·衰老》。
公众号：BioArt精选AI 评分8282 Nature：Triana Biomedicines 报道可穿越血脑屏障的 ALK 分子胶降解剂 TRI-611
美国 Triana Biomedicines 公司的 Vito J. Palombella 和 Andrew R. Conery 在 Nature 发表研究，报道了选择性、可穿越血脑屏障的 ALK 分子胶降解剂 TRI-611。
推荐理由：报道的分子胶降解剂绕开ALK激酶活性位点，在耐药与颅内模型中仍有效，为靶向蛋白降解提供了新降解基序的结构依据。
Nature Genetics精选AI 评分7272 研究揭示人早期胚胎中 Polycomb 调控格局的建立过程
研究对人配子、二细胞胚胎、八细胞胚胎、囊胚和人胚胎干细胞中的 H2AK119ub（H2Aub）进行了分析，发现 H2Aub 最早在二细胞阶段出现于 GC 富集区域，并逐步在活跃和不活跃基因上积累，到后期在 PcG 靶基因处达到高峰。
推荐理由：该研究追踪人胚胎从配子到囊胚的 H2Aub 动态，说明 PRC1 沉积的 H2Aub 如何引导 H3K27me3 重建，为理解人类早期发育中的表观遗传调控提供线索。
Nature BiotechnologyAI 评分4242 Nature Biotechnology 编辑精选：Bioptimus 开发多模态多尺度 AI 病理模型
Bioptimus 正在开发多模态、多尺度的 AI 病理模型，用于生物标志物与药物治疗预测。Nature Biotechnology 每年会重点介绍上一年获得大额早期融资的公司，Bioptimus 入选本期编辑精选。
NatureAI 评分2525 怀孕如何重塑大脑：从孕期到一生的神经变化
神经科学正在绘制妊娠期间大脑变化图谱，但这些变化对未来健康意味着什么尚未确定。
Nature CommunicationsAI 评分5858 DNA-SaM 编解码系统提升 DNA 数据存储可扩展性
研究提出 DNA-SaM 系统，整合高效编码、严格的生化约束检查和两级索引的存储单元分布架构，用于可扩展的 DNA 数据存储。计算分析显示其编码时间复杂度为线性，编码时间较代表性方法明显缩短，并主动排除同聚物重复、串联重复和潜在启动子基序等可能干扰下游生化过程的序列。该系统在体外和体内实际存储中均取得 100% 成功率，按其编码方案与序列设计空间理论上可存储超过 2^70 PB 数据。
Nature CommunicationsAI 评分5858 dITP 通过改变 Kongming 复合物组装平衡激活 NAD⁺ 水解
研究发现，dITP 并非通过简单的构象变化激活 Kongming（Kom）系统的 KomBC 复合物，而是通过改变其组装平衡来实现。没有 dITP 时，KomBC 在紧密堆积的寡聚体和松散堆积的纤维之间处于平衡，两者均无活性；dITP 结合到 KomB 后，稳定纤维中紧密堆积的 KomC 核心并让催化残基对齐，从而激活 NAD⁺ 水解。
Nature Machine IntelligenceAI 评分4242 可复用性报告：多样本组学网络推断受先验知识与数据可得性制约的稳健性区间
对多样本约束网络推断框架 CORNETO 的可复用性评估显示，多样本推断总体提升稳健性与可重复性，但预测性能增益取决于生物学背景和先验网络的完整性。研究在动态造血与稳定皮层数据集上系统评估四种网络重建范式，并引入 bootstrap 聚合与选择性再扩展策略以提升共识稳健性。结果揭示由样本量、先验知识和正则化共同界定的不同推断区间。
Cell Reports MedicineAI 评分4242 异补骨脂查尔酮靶向去泛素化酶 OTUB1 诱导 PD-L1 降解并增强抗肿瘤免疫
Zhang 等发现异补骨脂查尔酮靶向去泛素化酶 OTUB1，促进癌细胞中 PD-L1 的泛素化与降解。该调控增强 T 细胞介导的抗肿瘤免疫，重塑肿瘤免疫微环境并抑制肿瘤生长。
Nature MethodsAI 评分5858 miOPM 多浸没斜平面显微镜发布，支持油水空气物镜切换的高分辨光片成像
研究团队发布多浸没斜平面显微镜 miOPM，一种可重构的高分辨光片荧光显微平台，支持油、水、空气物镜无缝互换，并在 1.33 至 1.51 的折射率范围内保持衍射极限性能。该平台兼容标准样品 mounting、现有透明化流程和通量三维成像，作者用它拍摄了从培养细胞到整体生物、透明化组织的多种样本。原文称其目标是降低先进三维成像的使用门槛。
Nature Genetics精选AI 评分7272 379 个人脑样本图谱将 mRNA 3′端选择与脑疾病遗传风险联系起来
一项新工作在 379 个人脑样本中绘制了可变多聚腺苷酸化这一转录后调控层，显示 3′-UTR 选择上的遗传变异与疾病相关位点及下游分子效应相关。可变多聚腺苷酸化通过改变 mRNA 末端影响 mRNA 稳定性、翻译或亚细胞定位，而不一定改变 RNA 丰度。
推荐理由：在 379 个人脑样本中绘制可变多聚腺苷酸化图谱，把 3′-UTR 选择相关的遗传变异与疾病位点及下游分子效应联系起来。
公众号：生信人AI 评分2222 陈孝平院士/张万广团队系统综述B细胞抗癌机制与治疗进展
华中科技大学同济医学院附属同济医院陈孝平院士、张万广团队在Signal Transduction and Targeted Therapy发表综述，系统梳理肿瘤浸润B细胞（TIBs）的分类、双重功能、信号通路与治疗进展。综述整合单细胞测序与临床队列证据，指出在19种癌症的69项报告中，50.0%显示CD20+ TIBs具阳性预后效应，并总结靶向TIBs的临床前与临床试验。
Phys.orgAI 评分7272 SpaceA 空间 3D 基因组技术实现组织切片内长程染色质互作原位检测
中国科学院遗传与发育生物学研究所李湘团队开发出空间 3D 基因组技术 SpaceA，可在组织切片中原位检测长程染色质互作并保留细胞空间位置，成果发表于 Developmental Cell。
Fyodor UrnovAI 评分5858 NEJM 报告基因治疗后 AAV 插入突变致椎旁肿瘤
NEJM 刊出 Vo 等人的报告，在一名接受基因治疗的患者椎旁肿瘤中检出 AAV 整合，整合序列保留了 CAG 启动子–增强子并激活了一个发育相关转录因子。Fyodor Urnov 指出这是今年第二例 AAV 驱动插入突变的报告，约 3000 名接受 AAV 治疗者中出现 2 例，比例很低但并非为零，他认为关键在于获益与风险的权衡。
公众号：单细胞天地精选AI 评分8484 Nature 研究鉴定癌前效应性 Treg 细胞轴，PI3Kδ 抑制可在小鼠中拦截肺癌发生
一项发表于 Nature 的研究整合单细胞 RNA 测序、TCR 测序与 Xenium 空间转录组，在高级别癌前气道病变中鉴定出 BATF+ 效应性 Treg 细胞，并构建了淋巴结—循环—气道的跨组织调控轴。
推荐理由：研究把肺癌免疫干预窗口前移到癌前阶段，并用跨组织克隆共享与空间结构给出可追踪的细胞轴。
ScienceDailyAI 评分6060 斯坦福大学开发 iISM 显微镜，无需荧光标记即可观察活细胞内部结构
斯坦福大学团队开发出干涉图像扫描显微镜（iISM），将干涉散射显微与阵列探测器结合，在无需荧光标记的条件下实现约 120 纳米分辨率，可实时观察活细胞内多种结构同时运动与相互作用。
Medical XpressAI 评分6060 近千例前列腺肿瘤全基因组分析揭示侵袭性相关基因组亚型
研究团队用计算方法分析近 1000 例前列腺肿瘤的全基因组测序数据，构建了可能驱动前列腺癌的遗传改变目录，发现 97% 的肿瘤至少携带一个已知或潜在驱动改变。研究识别出四种与不同临床结局相关的基因组亚型，其中两种与显著更高的转移风险相关，并在近四分之一肿瘤中找到现有癌症药物的潜在靶点。
GENAI 评分5858 常见内分泌干扰物暴露或改变正常乳腺发育
Tufts大学医学院与Boston University团队在PNAS发表研究，用13名健康年轻女性捐赠组织培养的三维乳腺类器官，发现BPA、BPS、BPF在低浓度混合暴露时会扰乱类器官发育，诱导细胞外基质重塑、上皮可塑性和部分上皮-间质转化相关转录程序，并伴随广泛的DNA甲基化重塑。
Phys.org精选AI 评分8888 AI 从头设计可识别并切割指定蛋白靶点的蛋白酶
David Baker 团队组合 RFdiffusion2 的 RFD2-MI、ProteinMPNN、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 从头设计半胱氨酸蛋白酶与锌蛋白酶，两项结果分别发表于 Nature。
推荐理由：两篇 Nature 论文用 RFdiffusion2、ProteinMPNN 与 AlphaFold 3 组合从头设计蛋白酶，并给出实验验证的成功率与提速幅度。
Medical XpressAI 评分5858 DNA测序揭示罕见癌症如何在出生前于双胞胎间传播
一对同卵双胞胎姐妹均患由 MN1::ZNF341 基因融合驱动的未分化肉瘤，全基因组测序显示两人所有肿瘤样本都带有双胞胎 A 的遗传标记，提示肿瘤起源于双胞胎 A 的面部并跨胎盘传给双胞胎 B。
ScienceDailyAI 评分3838 德国康斯坦茨大学团队发现可降解聚酯与青霉素的“吃塑料”Pac-Man 酶
德国康斯坦茨大学团队在森林土壤中埋置长链脂肪族聚酯（LCAP）生物塑料薄膜，发现其在约250至330天内被完全降解，而HDPE几乎不降解。研究通过宏基因组与电镜分析发现一种活性位点开口异常宽大的“Pac-Man”酶，可降解特定聚酯和可生物降解塑料，也能分解青霉素，提示其可能与抗生素耐药性相关。成果发表于 The ISME Journal。
Nature Methods精选AI 评分7272 AmpliconSuite 发布：面向癌症全基因组测序的局灶扩增分析端到端流程
AmpliconSuite 是一套从癌症全基因组测序数据分析局灶扩增的工具包，可识别染色体外 DNA（ecDNA）、断裂-融合-桥及其他扩增模式，其 ecContext 模块对 ecDNA 结构分类以理解形成机制。
推荐理由：该工具把 ecDNA 等局灶扩增模式的识别与结构分类整合成一套流程，并配套可共享结果的社区平台。
Nature MethodsAI 评分2222 跨学科洞见驱动的荧光蛋白与生物传感器最新进展
这篇发表于 Nature Methods 的综述总结了荧光蛋白工程与荧光生物传感器设计的最新进展，重点包括提升光稳定性与延长波长的思路，并以 mScarlet 为案例。文章还讨论了新型荧光生物传感器在筛选、定量成像、空间分辨率与多重检测方面的改进，并展望下一代荧光蛋白与生物传感器的发展方向。
Institute for Protein Design精选AI 评分7878 IPD 团队在 Nature 发表从头设计蛋白酶研究
美国华盛顿大学蛋白设计研究所（IPD）的 Anqi Chen、Kejia Wu 和 Hojae Choi 从头设计了蛋白酶，这些被称为“分子剪刀”的酶能高精度切割用户指定的目标序列，相关成果本周发表于 Nature。
推荐理由：IPD 团队在 Nature 报告从头设计蛋白酶，可按用户指定序列切割，为蛋白设计提供新的功能实现路径。
公众号：生物探索精选AI 评分5050 Nature 综述梳理单细胞向多细胞演化转变的关键机制
《Nature》综述 Overcoming key challenges in the evolutionary transition to multicellularity 整合比较研究与实验演化证据，重新梳理单细胞向多细胞转变的关键机制，提出多细胞生命的起步未必需要先演化出复杂发育程序。
推荐理由：综述把多细胞起源拆成群体形成、群体繁殖与功能整合三道关卡，并给出酵母演化实验等可检验证据。
Nature Biotechnology精选AI 评分7575 HitSV 方法提升多测序平台结构变异检测
HitSV 通过建模基因组重复性与信号强度的相互作用来改进结构变异检测，结合重复性与信号密度感知的断点识别和单倍型解析的局部组装，实现碱基分辨率的结构变异重建与基因分型。
推荐理由：新方法把重复序列密度纳入结构变异断点识别，并在多个测序平台和大队列上给出可比较的提升幅度。
Cell精选AI 评分8282 研究基于 467,152 份 UK Biobank 基因组构建全表型结构变异图谱
研究利用 467,152 份 UK Biobank 基因组构建了全表型结构变异图谱，显示大于 50 bp 的结构变异是人类疾病风险中重要且此前被低估的来源。该资源揭示了与疾病相关的罕见结构变异和调控性结构变异，为理解人类生物学和药物研发提供线索。
推荐理由：基于近 50 万份 UK Biobank 基因组构建的结构变异图谱，把大于 50 bp 的变异与疾病风险系统关联起来，可作为结构变异研究的参考资源。
Medical Xpress精选AI 评分7878 国际 GLASS 研究追踪 IDH 突变胶质瘤复发时的基因组变化
Jackson Laboratory、耶鲁大学等 10 国合作团队在 Nature 发表 GLASS 联盟研究，对 183 例治疗前后配对取样的 IDH 突变胶质瘤进行分析，发现复发时少突胶质细胞瘤倾向获得新的生长驱动突变，星形细胞瘤则更常发生大规模染色体改变。
推荐理由：GLASS 联盟对 183 例配对样本的分析显示，IDH 突变胶质瘤的两种亚型在复发时走的是不同的基因组演化路径。
Bluesky：Martin Steinegger 🇺🇦 (@martinsteinegger.bsky.social)精选AI 评分7878 LoL-align 蛋白结构比对方法发表于 Nature Methods 并集成进 Foldseek
LoL-align 在 Nature Methods 发表，可在不做叠合（superposition）的情况下比对蛋白结构。作者称其比 TM-align 和 DALI 更敏感、比对结果更好，速度快 5–20 倍，现已集成到 Foldseek，代码在 GitHub 的 steineggerlab/foldseek 仓库，并提供 search.foldseek.com 在线服务。
推荐理由：新方法不做叠合即可比对蛋白结构，并给出与 TM-align、DALI 的敏感性和速度对比，可据此判断是否替换现有流程。
Genome MedicineAI 评分5555 英格兰 1107 例原发性线粒体病患者的生存期与死因分析
一项基于英格兰全国数据的队列研究纳入 1107 例原发性线粒体病患者（中位年龄 48 岁，74% 为线粒体 DNA 诊断、26% 为核基因诊断），遗传诊断后 10 年生存率为 80.3%、20 年为 58.9%，高于此前预期。
Nature Methods精选AI 评分8282 MassNet 发布 15 亿张质谱谱图语料与 MSDT 格式，并配套 XuanjiNovo 模型
MassNet 是一个面向 AI 的质谱蛋白质组学数据语料，包含来自 35 个物种的 15 亿张 DDA 串联质谱谱图，其中约 170 万个肽段前体来自人类样本。
推荐理由：1.5 亿张质谱谱图与统一张量格式，为质谱蛋白质组学的深度学习提供了可复用的数据底座。