跳到正文
Journal of Chemical Information and Modeling·· 5 小时前AI 评分42

HEIWA:混合显式–隐式水注意力影响基于结构的蛋白语言模型 ESM3 的力场准确性

HEIWA: Hybrid Explicit–Implicit Water Attention Affects Force Field Accuracy in Structure-Based Protein Language Model ESM3

AI 导读

HEIWA 是一种混合显式–隐式水注意力模块,通过全查询到全键的水–残基注意力,将溶剂介导的力场信息注入静态 ESM3 残基嵌入。研究以嗜热蛋白分类作为力场感知的代理任务,发现逐残基 logit 与氢键呈失稳性错相关,并存在显著依赖溶剂可及表面积(SASA)的误差,提示水–蛋白界面是系统性偏差来源。经生物物理引导的模型选择后,HEIWA 的残基级输出与 RMSF 基准及选定生物物理属性更一致,分类性能与基线大体相当,并能泛化到训练集外的 SUPFAM。HEIWA 基本保留 ESM3 的嵌入结构,分子动力学模拟显示嗜热条件下动力学稳定性改善。

阅读原文

来源:Journal of Chemical Information and Modeling · doi.org