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斯坦福团队在 Cell 发表虚拟空间肿瘤图谱,仅用 H&E 切片预测肿瘤微环境空间结构
Cell | 斯坦福团队构建“虚拟空间肿瘤”图谱,仅依靠H&E染色切片,即可还原肿瘤微环境空间生态信息
AI 导读
斯坦福大学医学院团队联合 Broad 研究所、MD 安德森癌症中心等在 Cell 发表研究,构建虚拟空间肿瘤图谱并开发 AI 平台 CANVAS,可从常规 H&E 染色切片预测肿瘤微环境的空间生态结构。研究用 41 重 CODEX 空间蛋白组学解析 457 例非小细胞肺癌患者逾 1800 万个细胞,无监督聚类定义 10 种保守细胞邻域(CN),并据此训练基于病理大模型 MUSK 的分类器 CANVAS,训练、验证与独立测试集准确率均超过 0.83。
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来源:公众号:生信人 · mp.weixin.qq.com
推荐理由
研究把空间蛋白组学定义的细胞邻域转成可从常规 H&E 预测的模型,并在多癌种队列中检验其预后与免疫治疗分层价值。