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BMC Bioinformatics·· 20 小时前AI 评分38

CADE:面向 bulk 转录组差异表达的免参考系数敏感性分析工作流

CADE: a reference-free workflow for coefficient-sensitivity analysis in bulk transcriptomic differential expression

AI 导读

CADE(Composition-Aware Differential Expression)是一个 R 工作流,用于在缺乏匹配单细胞参考时评估 bulk 转录组差异表达系数对 marker 衍生组成调整的敏感性,输出逐基因的 Composition Confounding Index(CCI)而非细胞类型比例估计。它拟合未调整与组成调整的配对 limma 模型,并提供系数变化方向标签、marker 剔除 bootstrap 排序稳定性、标签置换校准、分母阈值诊断及等距对数比坐标敏感性分析。

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来源:BMC Bioinformatics · doi.org