空间转录组分割方法基准评测与 Nextflow 标准化流程

研究对 11 种基于图像、基于转录组和多模态的细胞分割方法做了基准评测，覆盖 5 种空间转录组技术产生的 15 个数据集、12 种人和小鼠组织类型。作者提出结合生物学信息的评价指标，量化分割质量、转录本回收、细胞组成、形态、表达纯度和空间组织。结果显示，不同数据集、技术和评价标准下方法表现差异明显，分割完整性、转录组保真度和生物学可解释性之间存在权衡；跨技术分析还表明，分割方法的选择会影响细胞类型特异性、转录本污染和配体–受体推断等下游分析。作者同时发布统一的 Nextflow 流程，用于标准化评估分割效果和选择方法。