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BioSIFTR浅层鸟枪测序功能推断工具发布

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AI 综述

Genome Biology 论文作者发布 BioSIFTR,一种从浅层鸟枪法测序推断微生物组功能的方法:它把浅层测序读段的比对结果外推到 15 个 MGnify 生物群系特异目录中预先计算好的泛基因组功能上。作者在合成菌群以及红原鸡、小鼠、人三种肠道微生物组上,用匹配的深度鸟枪法测序和 16S rRNA 宏条形码数据做基准评测,称其表现优于同类方法。 作者表示,该方法目前仅在肠道微生物组中得到验证,进一步验证仍需匹配的基准数据集,并称这是后续工作的重点。

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报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

10月21日
  1. Genome Biology
    BioSIFTR:用生物群系特异基因组目录从浅层鸟枪法测序推断功能

    BioSIFTR 通过将浅层鸟枪法测序的读段比对结果外推到 15 个 MGnify 生物群系特异目录中预先计算好的泛基因组功能,实现微生物组功能推断。作者在合成菌群以及红原鸡、小鼠和人三种肠道微生物组上,用匹配的深度鸟枪法测序和 16S rRNA 宏条形码数据做基准评测,表现优于同类方法。作者指出,进一步验证仍需匹配的基准数据集,目前该方法已在肠道微生物组中得到验证。

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