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ARIEL 数据库发布:RNA-配体亲和力与结构配对

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AI 综述

Nucleic Acids Research 作者团队发布开放获取、人工整理的 ARIEL 数据库,把实验测定的 RNA–配体复合物解离常数(Kd)与对应的实验结构配对。团队从 Protein Data Bank 筛选 6954 个含 RNA 的结构,提取 2843 个带小分子配体的复合物,再人工查阅原始文献补齐 Kd 值。 最终数据集包含 278 个带实验亲和力的非冗余 RNA–配体复合物,涉及 179 个配体与 171 个不同 RNA 靶标,Kd 跨九个数量级(−log Kd 2.1–11.0)。 作者称 ARIEL 将通过定期版本化发布维护,并已在 https://aocdweb.com/BioTools/ARIEL/ 免费开放。

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报道时间线

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10月30日
  1. Nucleic Acids Research
    ARIEL 数据库发布:将 RNA–配体实验结合亲和力与三维结构配对

    ARIEL(Affinity Resource for Interactions of RNA and Ligands)是一个开放获取、人工整理的数据库,把实验测定的 RNA–配体复合物解离常数(Kd)与对应的实验结构配对。作者从 Protein Data Bank 筛选了 6954 个含 RNA 的结构,提取出 2843 个带小分子配体的复合物,再人工查阅原始文献补齐相应 Kd 值,最终得到 278 个带实验亲和力的非冗余 RNA–配体复合物,涵盖 179 个配体与 171 个不同 RNA 靶标,Kd 跨九个数量级(−log Kd 2.1–11.0)。

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