首个成年脊椎动物全身单细胞图谱发布

Whitehead Institute 的研究团队在体长约 12 mm 的透明硬骨鱼 Danionella cerebrum 中构建了首个成体脊椎动物全身单细胞转录组图谱，相关论文发表于 Science。团队对来自脑、脊髓、眼、内脏、鳍、头部和躯干的超过 60 万个细胞进行单细胞 RNA 测序，并结合 MERFISH 与 HCR-FISH 空间转录组方法，把细胞类型和基因活动模式定位回组织。图谱已通过 DigiFish 交互资源公开。

研究团队构建了成体脊椎动物 Danionella cerebrum 的全身细胞类型转录组图谱，按身体区域分层开展单细胞 RNA 测序，并结合空间转录组在单细胞分辨率上定位细胞类型与基因表达。作者依据区域基因表达特征划分出空间上不同的神经细胞类型，图谱还揭示了带有成体分子位置记忆的细胞类型、幼态延续特征，以及成体结缔组织中保守的身体区域与附肢特化程序。比较分析显示神经细胞类型具有保守性，再生数据集则呈现端脑再生过程中的表达动态。作者称该全身转录组图谱可为生物学与神经科学的多种问题提供资源。

Whitehead Institute 的研究团队在 Science 发表研究，利用体长仅约 1 厘米的透明鱼 Danionella cerebrum，构建了首个成年脊椎动物全身单细胞转录组图谱。他们用单细胞 RNA 测序测量了来自脑、脊髓、眼、内脏、鳍、头部和躯干等部位的逾 60 万个细胞的基因活性，并结合空间方法把细胞类型和基因活性模式定位回组织。图谱显示，同一区域的神经元基因活性模式更相似，即使使用的神经递质不同；成体成纤维细胞仍保留发育时期决定身体部位的区域性基因程序，胸鳍和腹鳍细胞分别保留与前肢和后肢发育相关的程序。