RFhap：免比对长读长定相提升组装精度

研究团队提出基于三人组数据的长读长定相方法 RFhap，在从头组装前把长读段判定为母源、父源或未知单倍型，以替代 Hifiasm-Trio 中固定 k-mer 长度与启发式规则的做法。该方法整合多 k-mer 亲本特异标记、无需比对的 k-mer 查找引擎和随机森林分类器。 作者团队在 Human Pangenome 项目的四个人类三人组数据集上评测，覆盖 ONT R10.4 与 R9.4.1 两种化学版本。用 Merqury 评估下游组装，RFhap 相对 Hifiasm-Trio 使校正后单倍型 NG50 接近翻倍（均值 24.3 Mb 对 13.1 Mb），切换错误率减半（均值 0.111% 对 0.236%），共识 QV 与亲本 k-mer 完整性则保持相当。上述比较结果由作者团队报告。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。