RETROFIT：无参考空间转录组去卷积方法

RETROFIT 作者提出一种无需单细胞参考的空间转录组去卷积方法：先对空间转录组数据做贝叶斯非负矩阵分解提取潜在表达成分，分解完成后再用单细胞参考或 marker 基因把成分匹配到细胞类型。作者用真实小鼠小脑 scRNA-seq 生成模拟 ST 数据，与 RCTD、Stereoscope、Cell2location 和 STdeconvolve 比较，称参考精确时 RETROFIT 与有参考方法竞争力相当，参考混入无关细胞类型或缺失真实细胞类型时表现更稳定。 该方法需自行指定潜在成分数，成分太少会合并异质性、太多会切碎细胞状态；分解出的成分是表达模式而非直接细胞类型，仍需结合 marker 或参考注释。作者称 RETROFIT 目前未利用 spot 空间坐标，也不直接建模疾病、批次等样本层面协变量，所得细胞比例和特异基因属计算推断，生物学作用仍需实验验证。

AI 根据报道生成 · 2 小时前更新

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。