DynaVelo 从单细胞多组学预测 B 细胞扰动

研究团队在 Nature Biotechnology 发表 DynaVelo，一个生成式神经常微分方程模型，从单细胞多组学数据中学习基因表达与转录因子 motif 活性的联合动态。由于模型学习的是向量场的函数形式，研究者可在计算中施加扰动，而不只是绘制轨迹。 作者称，DynaVelo 重现了野生型小鼠生发中心 B 细胞的体内分叉动态，并揭示表观调控因子 Arid1a 和 Ctcf 杂合缺失下动态的变化；计算扰动得到动态且细胞状态特异的基因调控网络，在野生型网络中找回已知转录因子-基因边，并预测突变体中受破坏的边。 论文还报告，双杂合小鼠体内实验在三种情况下均确认挽救了 Arid1a 杂合缺失的暗区表型，Arid1a/Ctcf 双杂合生发中心的多组学分析验证了预测的向野生型动态偏移。这些结果来自论文作者，尚待独立验证。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。