Nature Biotechnology·· 11 小时前精选AI 评分78
DynaVelo 从单细胞多组学速度预测 B 细胞功能缺失与 rescue 扰动
Deep dynamical models of single-cell multiomic velocities predict loss-of-function and rescue perturbations in B cells
AI 导读
研究团队提出 DynaVelo，一个生成式神经常微分方程模型，从单细胞多组学数据中学习基因表达与转录因子（TF）motif 活性的联合动态。模型学习向量场的函数形式，因此可在计算中施加扰动，而不只是绘制轨迹。作者用 DynaVelo 重现了野生型小鼠生发中心（GC）B 细胞的体内分叉动态，并揭示表观调控因子 Arid1a 和 Ctcf 杂合缺失下动态的变化；计算扰动得到动态且细胞状态特异的基因调控网络（GRN），在野生型 GC GRN 中找回已知 TF-基因边，并预测突变体中受破坏的边。
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来源：Nature Biotechnology · doi.org
推荐理由
模型把单细胞多组学速度场做成可扰动对象，并在小鼠 B 细胞中验证了预测的 rescue 靶点。