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长时程模拟揭示Sorcin钙调构象选择机制

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AI 综述

研究团队在 Anton 3 超级计算机上完成 9 条 10 微秒全原子分子动力学模拟(总计约 90 微秒),据此提出人源二聚体 Sorcin 的激活遵循“配位偏倚的构象选择”机制:Ca2+ 结合弱且快速交换,其作用是稳定而非诱导活性态。 模拟中,从 Ca2+ 结合结构出发去除离子后,直接观察到活性态向非活性态转变,表明 Ca2+ 配位丢失足以在微秒尺度驱动失活;保留离子的模拟中,所有 EF-hand 位点均出现超快 Ca2+ 解离与再结合,提示内在 Ca2+ 亲和力较弱、离子交换高度动态。 上述结论来自该研究的模拟结果,作者据此支持配位偏倚构象选择模型。

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报道时间线

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11月5日
  1. Journal of Chemical Information and Modeling
    长时程分子动力学揭示 Sorcin 激活的配位偏倚构象选择机制

    在 Anton 3 专用超级计算机上开展的 9 条 10-μs 全原子分子动力学模拟(总计约 90 μs)显示,人源二聚体 Sorcin 的激活遵循配位偏倚的构象选择机制。从 Ca2+ 结合结构出发,去除 Ca2+ 后直接观察到活性态向非活性态的转变,说明 Ca2+ 配位丢失足以在微秒尺度驱动失活;保留离子的模拟中所有 EF-hand 位点均出现超快 Ca2+ 解离与再结合,提示其内在 Ca2+ 亲和力较弱、离子交换高度动态。

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