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ATLAS实现小鼠脑空间单细胞转录组定位

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AI 综述

研究团队提出 ATLAS(aggregate signatures 转录组定位)方法:先从单细胞 RNA 测序数据学习转录特征,再用数万条寡核苷酸探针原位编码并解码,以推断细胞类型和插补转录组。 作者用标记基因的 MERFISH 直接测量验证 ATLAS,并与另外四种技术做定量比较。他们分析了 5 只雄性、5 只雌性 C57BL/6J 小鼠和 5 只雄性 BTBR T+tf/J 特发性自闭症模型小鼠的中脑,覆盖 400 多张冠状切片、共 4000 万个细胞。

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报道时间线

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10月30日
  1. Nature Methods精选
    ATLAS 实现小鼠脑跨遗传背景的空间单细胞转录组定位

    研究团队提出 ATLAS(aggregate signatures 转录组定位),一种可扩展的组织定位方法:先从 scRNA-seq 数据学习转录特征,用数万条寡核苷酸探针原位编码并解码,从而推断细胞类型和插补转录组。作者用标记基因的 MERFISH 直接测量验证 ATLAS,并与另外四种技术做定量比较。他们分析了 5 只雄性、5 只雌性 C57BL/6J 小鼠和 5 只雄性 BTBR T+tf/J 特发性自闭症模型小鼠的中脑,覆盖 400 多张冠状切片、共 4000 万个细胞。

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