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ESMRank:基于深度突变扫描的错义变异效应排序预测器

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AI 综述

研究团队提出 ESMRank,一种基于序列的学习排序预测器,用于预测错义变异的功能效应。作者先提出“variant soundness”这一重叠感知的排序融合分数,利用部分重叠的深度突变扫描实验之间的一致性,在蛋白内得到不依赖具体实验的突变耐受排序;在约 1100 个 MAVE、超过 200 万个错义变异上,该信号富集了结构稳定性约束。 ESMRank 结合 ESM2 表示与理化描述符。作者称,在严格的蛋白层面划分下,ESMRank 在 ProteinGym 和 Domainome 中与丰度、折叠和稳定性相关的实验上优于常用预测器。

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10月31日
  1. Molecular Systems Biology
    ESMRank:用深度突变扫描数据学习排序预测错义变异效应

    研究提出 ESMRank,一种基于序列的学习排序预测器,用于预测错义变异的功能效应。作者先提出“variant soundness”这一重叠感知的排序融合分数,利用部分重叠的深度突变扫描实验之间的一致性,在蛋白内得到不依赖具体实验的突变耐受排序;在约 1100 个 MAVE、超过 200 万个错义变异上,该信号富集了结构稳定性约束。ESMRank 结合 ESM2 表示与理化描述符,在严格的蛋白层面划分下,于 ProteinGym 和 Domainome 中与丰度、折叠和稳定性相关的实验上优于常用预测器。

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