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Atlas 组装系统用于大鼠基因组草图

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AI 综述

Genome Research 介绍 Atlas 基因组组装程序套件:它同时使用 BAC 克隆和全基因组鸟枪(WGS)文库的测序读段,按序列重叠把 WGS 读段归入对应 BAC,每次只组装基因组中极小(<0.1%)的单元,再由各 BAC 推导基因组布局。该报道称,这种基于序列的图谱生长比非序列方法更精确,并可在各阶段借助 BAC 指纹、其他遗传图谱和共线性关系校正重复序列造成的错误。 Atlas 已被用于组装大鼠基因组 DNA 序列草图;其 overlapper、split-scaffold 等主要组件也被用于纯 WGS 项目。

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报道时间线

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10月19日
  1. Genome Research
    Atlas 基因组组装系统:结合 BAC 与全基因组鸟枪法组装大鼠基因组草图

    Atlas 是一套面向"组合式"基因组组装的程序套件,同时利用 BAC 克隆和全基因组鸟枪(WGS)文库的 DNA 测序读段。其核心功能是依据序列重叠将 WGS 读段归入相应 BAC,每次只组装基因组中极小(<0.1%)的单元,再由各 BAC 推导基因组布局,这种"基于序列"的图谱生长比非序列方法更精确,并可在各阶段借助 BAC 指纹、其他遗传图谱和共线性关系校正重复序列造成的错误。Atlas 已用于组装大鼠基因组 DNA 序列草图,其 overlapper 和 split-scaffold 等主要组件也被用于纯 WGS 项目。

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