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FAPROTAX2-db原核功能表型数据库发布

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AI 综述

Scientific Data 发表新数据集 FAPROTAX2-db,研究者整理了 15,625 个培养原核物种的 101 种生态功能实验表型数据。与旧版 FAPROTAX v1 相比,新版在增加存在记录的同时加入大量缺失记录;物种记录仍以 Pseudomonadota、Actinomycetota、Bacillota、Bacteroidota 四大门为主,占近 90%。 功能共现分析显示,硝酸盐呼吸与亚硝酸盐呼吸高度相关,暗硫氧化与暗硫代硫酸盐氧化的 Phi 达 0.97,果胶降解与海藻酸盐降解的 Phi 约 0.65。 该数据集未覆盖菌株水平差异,部分功能仍标记为 unknown。

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报道时间线

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10月22日
  1. 公众号:宏基因组
    FAPROTAX2-db 发布:基于实验数据的原核生物功能表型数据库

    Scientific Data 发表新数据集 FAPROTAX2-db,整理了 15,625 个培养原核物种的 101 种生态功能实验表型数据。与旧版 FAPROTAX v1 相比,新版不仅大幅增加存在记录,还加入大量缺失记录,数据库仍以 Pseudomonadota、Actinomycetota、Bacillota、Bacteroidota 四大门为主,占近 90% 的物种记录。功能共现分析显示,硝酸盐呼吸与亚硝酸盐呼吸高度相关,暗硫氧化与暗硫代硫酸盐氧化的 Phi 达 0.97;果胶降解与海藻酸盐降解的 Phi 约 0.65。

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