Kundaje 称赞 Schreiber 开源基因组软件优化
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Kundaje 称赞 Schreiber 开源基因组软件优化
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报道摘要
Jacob Schreiber 指出,多数基因组软件用 32 位存储每个 0/1 值(每位点 128 位),内存占用高,拖慢序列修改、打乱、磁盘读写和 GPU 传输等操作。
摘自 Jacob Schreiber
最新进展10月20日 02:11
Kundaje 赞 Schreiber 开源基因组软件优化事件进展
2 个进展
- 10月20日 02:11 · 1 篇报道Kundaje 赞 Schreiber 开源基因组软件优化Anshul Kundaje:Kundaje 赞 Schreiber 开源基因组软件优化
- 10月20日 01:49 · 1 篇报道Jacob Schreiber 批评基因组软件 one-hot 编码效率低Jacob Schreiber:Jacob Schreiber 批评基因组软件 one-hot 编码效率低
报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
10月20日
- Anshul KundajeKundaje 赞 Schreiber 开源基因组软件优化
Anshul Kundaje 称赞 jmschreiber91 持续开源发布高效的基因组软件优化,认为生物机器学习领域的工具开发就该如此开放、让用户测试反馈。
- Jacob SchreiberJacob Schreiber 批评基因组软件 one-hot 编码效率低
Jacob Schreiber 指出,多数基因组软件用 32 位存储每个 0/1 值(每位点 128 位),内存占用高,拖慢序列修改、打乱、磁盘读写和 GPU 传输等操作。
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还没有足够的连续观测数据,暂不绘制趋势。