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SMARTFlexDB发布配对apo-holo RNA结构数据库

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AI 综述

研究者发布 SMARTFlexDB,一个用配对 apo–holo RNA 结构刻画 RNA 结合小分子前后构象差异与 RNA–小分子识别的数据库和分析平台。配对标准为 PDB 中 RNA 链序列一致、覆盖度至少 90%,且结合口袋核苷酸完全保守。 当前版本收录 266 个 holo 结构中的 434 个结合口袋,关联 186 个 apo 结构,得到 1187 个口袋层面的 apo–holo 配对,整理为 734 条条目,覆盖 150 种小分子和 23 个 RNA 功能类别。平台可通过 https://aidd.rc.ufl.edu/app/smartflexdb/ 访问。

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报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

10月26日
  1. Nucleic Acids Research
    SMARTFlexDB 发布配对 apo–holo RNA 结构数据库与分析平台

    SMARTFlexDB 是一个整理并分析配对 apo–holo RNA 结构的数据库与分析平台,用于刻画 RNA 结合小分子前后的构象差异和 RNA–小分子识别。研究者在 PDB 中按 RNA 链序列一致性与覆盖度至少 90%、结合口袋核苷酸完全保守的标准筛选配对。当前版本包含 266 个 holo 结构中的 434 个结合口袋,与 186 个 apo 结构关联,得到 1187 个口袋层面的 apo–holo 配对,整理为 734 条数据库条目,覆盖 150 种小分子和 23 个 RNA 功能类别。

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