Evo2预测植物双向启动子活性
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Evo2预测植物双向启动子活性
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AI 综述
研究团队用基因组语言模型 Evo2 预测植物双向启动子(BDP)活性,并在拟南芥、玉米、水稻和小麦四个物种中分析序列编码的调控规律。按共表达强度对 BDP 分层后,Evo2 嵌入在比较中优于 k-mer 特征、转录因子结合位点矩阵和序列训练的卷积神经网络等基线。 在单一物种或多物种上训练的模型可迁移到留出物种;互花米草的活体植物验证支持了预测的高活性 BDP。稀疏自编码器分析将 Evo2 嵌入与核小体定位及物种特异的转录因子图谱联系起来。
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最新进展11月5日 08:00
研究用基因组语言模型 Evo2 解码植物双向启动子活性报道时间线
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11月5日
- Nature Communications研究用基因组语言模型 Evo2 解码植物双向启动子活性
研究团队利用基因组语言模型 Evo2 预测双向启动子(BDP)活性,并在拟南芥、玉米、水稻和小麦四个物种中揭示序列编码的调控规律。作者按共表达强度对 BDP 分层,将 Evo2 嵌入与 k-mer 特征、转录因子结合位点矩阵及序列训练的卷积神经网络比较,Evo2 嵌入优于所有基线。在单一物种或多物种上训练的模型可迁移到留出物种,互花米草(Spartina alterniflora)的活体植物验证支持了预测的高活性 BDP。稀疏自编码器分析将 Evo2 嵌入与核小体定位及物种特异的转录因子图谱联系起来。
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