清华张强锋团队发表CCI-seq细胞互作测序技术

清华大学张强锋等团队在 Nature Methods 发表研究，开发 CCI-seq 技术，把细胞间相互作用信息与高质量单细胞转录组连接起来。方法先温和解离组织保留小型细胞团，用膜锚定寡核苷酸和三轮分池–混池组合索引标记细胞团，再完全解离做单细胞测序，通过共享 Cell-ID 重新关联同一细胞团的细胞。 人鼠混合细胞团验证中，4,042 个高质量 Cell-ID 细胞里 99.7% 人源细胞和 93.8% 鼠源细胞获得正确物种标签，682 个细胞团仅 2 个混有两种物种细胞。团队在小鼠正常组织、癌前病变及人类结直肠癌中展示了应用价值。 研究同时指出，CCI-seq 捕获的是直接接触或短距离邻近，不能还原完整组织坐标；转录差异与细胞邻近相关，不等于存在因果作用。因临床样本数量有限，部分稀有互作可能未被捕获，未来仍需结合原位成像、功能扰动及更大规模样本验证。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。