研究团队发布病毒k-mer评分框架KSS

Dylan Lebatteux等提出病毒k-mer优先排序框架KmerSignificance Score（KSS），整合信息论判别力、经遗传算法优化的氨基酸替换矩阵MIYATA_EVO和基于UniProt注释的蛋白特征评分，三个分量与综合得分均限定在[0,1]区间。 在判别性能上，KSS判别分量平均F1为0.881，与八项基线中最强的卡方检验（0.876）无显著差异，但在SARS-CoV-2与HIV-1上的top排序与卡方检验不同。MIYATA_EVO在八项氨基酸特征上的复合一致度较原MIYATA矩阵提升28.4%。 作者称，对SARS-CoV-2（278,738条序列、19个Pango衍生谱系标签）、HIV-1（12,223条序列、15个亚型标签）和人类巨细胞病毒（399–646条序列、4–8个位点特异基因型）的文献交叉比对显示，排名靠前的k-mer对应已知变异定义突变、亚型特异多态性和基因型标记。工具已在GitHub公开。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。