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R-loopBase v2.0 发布定量跨物种图谱

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AI 综述

R-loopBase 团队发布 R-loopBase v2.0，把原先仅覆盖人类、只给出分类置信度的 R-loop 图谱升级为定量评分框架，并将框架扩展到特定细胞类型以及小鼠、果蝇和酵母。团队称，他们统一重新分析了 16 种技术产生的 358 套 R-loop 制图数据集；在人类全基因组范围内，该定量评分与已知 R-loop 生物学特征高度一致。新版本还扩充了跨物种 R-loop 调控因子集合，可用于推断 R-loop 稳态变化，并加入多物种基因组浏览器、基于深度学习的 R-loop 预测、R-loop 稳态分析和简化下载入口。数据库访问地址为 rloopbase.nju.edu.cn。

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报道时间线

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11月5日

12:31
Nucleic Acids Research
R-loopBase v2.0 发布：提供物种与细胞类型分辨的定量 R-loop 图谱及调控资源
R-loopBase v2.0 发布，将原先仅覆盖人类、只给出分类置信度的 R-loop 图谱升级为定量评分框架，并扩展到特定细胞类型及小鼠、果蝇和酵母。研究团队统一重新分析了 16 种技术产生的 358 套 R-loop 制图数据集，构建的定量评分在人类全基因组范围内与已知 R-loop 生物学特征高度一致。同时大幅扩充了跨物种 R-loop 调控因子集合，可用于推断 R-loop 稳态变化。新版本还加入扩展的多物种基因组浏览器、基于深度学习的 R-loop 预测、R-loop 稳态分析和简化的数据下载入口，数据库访问地址为 rloopbase.nju.edu.cn。

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