Monocle2 大细胞数拟时序报错获修复版
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Monocle2 大细胞数拟时序报错获修复版
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AI 综述
生信技能树小洁老师发布 Monocle2 修复版源码包,针对细胞数超过 46,340 时 orderCells() 拟时序计算报整数溢出错误。报错源于 R 4.5.2 及之后版本 stats 包 as.matrix.dist() 改用 size * size 计算距离矩阵位置总数,46,341 个细胞的平方值超出 R integer 上限,增加服务器内存无法解决。 最新第 5 个修复版本 2.40.1031 的做法是把报错代码中的数据类型从 integer 转为 double,数值不变,从而不受整数上限限制;小洁老师称修改原则是最小改动、不改变核心算法。源码包需已有编译工具,可在生信技能树后台回复 mono1030 下载 monocle_2.40.1030.tar.gz。
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最新进展11月5日 13:18
小洁老师发布 monocle 2.40.1030 修复版,解决 Monocle2 超 46,340 细胞拟时序报错报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
11月5日
- 公众号:生信技能树小洁老师发布 monocle 2.40.1030 修复版,解决 Monocle2 超 46,340 细胞拟时序报错
生信技能树小洁老师发布 monocle 2.40.1030 修复版源码包,解决 Monocle2 在细胞数超过 46,340 时 orderCells() 拟时序计算报整数溢出错误的问题。报错源于 R 4.5.2 及之后版本中 stats 包 as.matrix.dist() 改用 size * size 计算距离矩阵位置总数,46,341 个细胞的平方值 2,147,488,281 超出 R integer 上限 2147483647,增加服务器内存无法解决。
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还没有足够的连续观测数据,暂不绘制趋势。