运动学框架解释空间表达梯度

BMC Bioinformatics 论文作者提出一个运动学框架，用于从单张快照空间转录组数据解释空间表达梯度：在表达场位置条件平稳、细胞沿解剖轴平均位移为正的假设下，基因梯度的符号等于其净生成符号；但作者指出，缺少独立速度估计时，该框架无法恢复绝对速率。 作者在人肝图谱上评估该框架，该图谱含 16 张标准 Visium 切片、3 张 Visium HD 切片及配套单核 RNA-seq，主要跨供体分析使用 8 张活体供体切片。梯度方向可重复，严格 66 基因面板的跨供体平均相关为 0.87，宽泛 15,192 基因面板为 0.67。在四名供体的分级脂肪变性中，GLUL、LYZ 和 ORM1 对脂质呈一致的空间梯度响应，但作者称 wild-cluster 校准发现 cluster-robust 显著性偏于宽松，因此只报告方向性观察，不视为显著发现；小鼠隐窝-绒毛轴上 15 个经典标志物均恢复预期方向。作者强调，横断面数据只能确立梯度可重复性，不能给出时间分辨的动态。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。