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AxialTAD:紧凑模型预测TAD边界

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AI 综述

AxialTAD 作者团队提出以轴向对比模块(ACM)为核心的紧凑深度学习模型 AxialTAD,通过显式编码局部 Hi-C 区块沿行、列方向接触强度的方向性对比来预测 TAD 边界。 在 GM12878、HeLa-S3、IMR-90、K562 四个人类细胞系的细胞内评测与留一细胞系泛化评测中,AxialTAD 与 CNN+Transformer 基线 deepTAD 表现相当,可训练参数少 76%–80%(113K–137K 对 571K)。作者团队称,在两个小鼠数据集各自内部训练和评测时,AxialTAD 优于该对照和 deepTAD;与 CTCF、cohesin ChIP-seq 的正交验证支持预测边界的生物学合理性。 这些结论来自作者团队的评测,人类细胞系上的主要结果是性能与 deepTAD 相当而非更优。

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报道时间线

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11月2日
  1. Briefings in Bioinformatics
    AxialTAD:基于轴向对比架构从 Hi-C 数据预测 TAD 边界

    AxialTAD 是一个以轴向对比模块(ACM)为核心的紧凑深度学习模型,通过显式编码局部 Hi-C 区块沿行、列方向接触强度的方向性对比来预测 TAD 边界。在 GM12878、HeLa-S3、IMR-90、K562 四个人类细胞系的细胞内评测与留一细胞系泛化评测中,AxialTAD 与 CNN+Transformer 基线 deepTAD 表现相当,可训练参数少 76%–80%(113K–137K 对 571K)。

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