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SpatialData 与 Squidpy 分析 Xenium 数据流程演示

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AI 综述

一篇公众号文章以 10x Genomics 的 Xenium 人肺癌 FFPE 示例数据为例，演示了从下载解压到空间统计的完整分析流程。流程先用 spatialdata_io 的 xenium() 将表达矩阵、细胞信息、转录本坐标、细胞边界与组织图像整合为 SpatialData 对象并写入 zarr，再经 scanpy 计算质控指标，按阴性对照探针与阴性对照编码占比评估背景，过滤后做归一化、PCA、UMAP 与 Leiden 聚类。该文为操作演示，未报告分析结论或方法效果。

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报道时间线

沿着报道，了解事件的不同侧面。

11月3日

22:21
公众号：生信菜鸟团
用 SpatialData 与 Squidpy 分析 Xenium 空间转录组数据
以 10x Genomics 的 Xenium 人肺癌 FFPE 示例数据为例，演示了从下载解压到空间统计的完整分析流程。用 spatialdata_io 的 xenium() 将表达矩阵、细胞信息、转录本坐标、细胞边界与组织图像整合为 SpatialData 对象并写入 zarr，再经 scanpy 计算质控指标、按阴性对照探针与阴性对照编码占比评估背景，过滤后归一化、PCA、UMAP 与 Leiden 聚类。

本事件热度走势

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。