西湖大学团队发表蛋白质组虚拟细胞模型ProteinTalks
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西湖大学郭天南团队联合北京大学、北京科学智能研究院、深势科技及哈尔滨医科大学等单位,在 Nature 在线发表论文,构建了基于扰动蛋白质组的虚拟细胞模型 ProteinTalks。研究以 18 株乳腺癌细胞系为基础,用 63 种 FDA 批准药物及 59 种药物组合在 0、6、24 和 48 h 采集扰动蛋白质组,获得 16,311 份蛋白质组数据和 23,482 次细胞活力测定,以 DIA-MS 建立时序扰动数据库 PTDS。 报道指出,该研究目前主要集中于癌细胞尤其是三阴性乳腺癌,蛋白质组深度有限,尚未纳入翻译后修饰、多组学以及剂量和给药顺序效应;现阶段更适合作为候选药物优先筛选和研究决策辅助工具,而不是替代真实药敏实验或临床判断。
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- 公众号:生信人精选西湖大学郭天南团队在 Nature 发表蛋白质组虚拟细胞模型 ProteinTalks
西湖大学郭天南团队联合北京大学、北京科学智能研究院、深势科技及哈尔滨医科大学等单位,在 Nature 在线发表论文,构建了基于扰动蛋白质组的虚拟细胞模型 ProteinTalks。研究以 18 株乳腺癌细胞系为基础,用 63 种 FDA 批准药物及 59 种药物组合在 0、6、24 和 48 h 采集扰动蛋白质组,获得 16,311 份蛋白质组数据和 23,482 次细胞活力测定,以 DIA-MS 建立时序扰动数据库 PTDS。
- 公众号:生信人精选细胞图谱之后下一步做什么:Nature等5篇论文连接图谱映射与虚拟药物预测
生信人梳理了近期 Nature、Nature Genetics、Nature Methods 和 Nature Machine Intelligence 发表的 5 项单细胞研究,讨论细胞图谱建好之后如何继续追问机制与干预。CCI-seq 通过部分解离和三轮组合条形码保留细胞团来源信息,在小鼠肾脏恢复组织结构关联,并在 5 例人结直肠癌及 3 例邻近正常组织中分析肿瘤上皮细胞的局部关联与分子亚型关系。
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