跳到正文
  1. Bioinformatics67

    CRISPR-HAWK 发布:整合单倍型与变异的 CRISPR-Cas 向导设计工具

    CRISPR-HAWK 是一个把个体和群体尺度的变异与单倍型纳入 gRNA 设计的框架,代码已在 GitHub 开源。作者在 79 648 个基因组上分析治疗靶点,发现变异会显著改变向导表现:针对 BCL11A 的镰状细胞病治疗向导存在完全消除预测切割活性的单倍型,七个治疗位点中 82.5% 的向导带有影响在靶活性的变异,变异还会产生新的 PAM 位点、带来参考基因组设计看不到的个体特异性向导。

    推荐理由:该工具把个体与群体层面的变异和单倍型纳入 gRNA 设计,并给出 79 648 个基因组上的评估结果,可供做 CRISPR 靶点选择时参考。

  1. Bioinformatics Advances67

    TorchGWAS 1.0 发布:GPU 加速大规模 GWAS

    TorchGWAS 1.0 发布,这是一个用 GPU 批量运算对大量定量表型做协变量校正线性关联检验的框架。

    推荐理由:面对数千个定量表型逐个做 GWAS 的算力瓶颈,该工具给出与 PLINK 2.0 一致的统计量和大规模运行时间。

  1. Seurat:GitHub Releases72

    Seurat v5.6.0 发布,新增线程控制并加速核心分析步骤

    Seurat 发布 v5.6.0,新增 setThreads 和 getThreads 控制支持的 C++ 内核与 uwot UMAP 后端线程。

    推荐理由:新版本把归一化、降维、聚类和整合等常用步骤改为多线程 C++ 实现,并修复了 BPCells 磁盘型数据的打分问题,做单细胞分析的读者可据此判断是否升级。

  1. AlphaFold 3:GitHub Releases78

    AlphaFold 3 发布 v3.0.3,代码许可证改为 Apache 2.0

    AlphaFold 3 发布 v3.0.3,代码许可证从 CC BY-NC-SA 4.0 改为 Apache 2.0,并兼容 Python 3.14。该版本还带来性能改进:Confidences JSON 序列化最高提速 30 倍,5000 残基输入的序列化时间从 43 s 降至 1.3 s,mmCIF 解析提速 4%。

    推荐理由:许可证从非商用协议改为 Apache 2.0,并给出大输入序列化提速的具体数字,可据此判断能否商用与升级。

已经到底了