UK Biobank 与 IMU Biosciences 合作启动大规模免疫图谱计划,选用 Ultima 与 Waters 平台
IMU Biosciences 与 UK Biobank 宣布合作,计划构建迄今规模最大、细节最丰富的人体免疫系统图谱,为 UK Biobank 增加高分辨率免疫数据层。
推荐理由:UK Biobank 新增免疫数据层,规模从 8 万份血样起步,做免疫与疾病关联研究的人可关注其数据开放路径。
IMU Biosciences 与 UK Biobank 宣布合作,计划构建迄今规模最大、细节最丰富的人体免疫系统图谱,为 UK Biobank 增加高分辨率免疫数据层。
推荐理由:UK Biobank 新增免疫数据层,规模从 8 万份血样起步,做免疫与疾病关联研究的人可关注其数据开放路径。
Cell 在线优先发表研究,提出一条微生物组-胆汁酸轴介导女性对慢性肝病的保护。由雌激素促进的肠道细菌联合体产生的女性富集胆汁酸 isoUDCA,通过 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号促进肝脏胆固醇处理和胆汁酸代谢,从而减轻慢性肝损伤。
推荐理由:研究把女性慢性肝病保护与肠道菌群来源的胆汁酸 isoUDCA 联系起来,并给出 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号通路这一机制线索。
Jonathan Pritchard 分享新文章,提出人类遗传学下一代方向应建立“Trait Causal Models”,把遗传变异与各层级生物学结构中的效应连接起来。
推荐理由:作者提出用 GWAS、扰动实验与观察性组学构建连接遗传变异与各层级生物学效应的性状因果模型,为人类遗传学下一个阶段给出框架性设想。
Cell 在线发表的研究用蛋白质组学检测头足类 RNA 编辑产生的重编码位点,发现单个氨基酸编辑会改变蛋白质稳定性、亚细胞定位、翻译后修饰和细胞器功能。研究指出,鞘形亚纲头足类的 RNA 编辑水平远超其他动物,但其对蛋白质组的功能后果此前大多未知。
推荐理由:用蛋白质组学直接检测头足类 RNA 编辑位点的重编码产物,把编辑事件与蛋白稳定性、定位和修饰的变化联系起来。
研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱,刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应,以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。
推荐理由:该图谱覆盖 22 种组织,呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异,为研究跨组织分子调控提供参照。
Illumina 发布 BioInsight 平台,将 DRAGEN、Emedgene、Connected Multiomics、BaseSpace 等工具整合到统一的软件环境中。
推荐理由:Illumina 把 DRAGEN、Emedgene 等工具整合进统一平台,并加入面向基因组与多组学的 AI 模型,可了解测序分析软件的组织方式变化。
HHMI 研究员 Jonathan Weissman、Jay Shendure 及团队开发出新工具,可对发育中小鼠体内大量细胞的来源与去向生成图谱。Whitehead Institute 转述称,这类详细图谱有望帮助科学家定位出生缺陷发生的时间点、追踪癌细胞获得扩散或耐药能力的路径,并更好地引导干细胞成熟为功能性细胞类型。
推荐理由:这项在小鼠胚胎中追踪大量细胞来源与去向的工作,为研究发育异常和细胞状态转变提供了可参照的图谱思路。
Ensembl 建立全基因组 Cactus 比对集中仓库,在 https://ftp.ensembl.org/pub/misc/compara/multi/hal_files/ 提供鸟类、哺乳动物、昆虫、甲壳类、线虫、禾谷类、鱼类和 SARS-CoV-2 等类群的比对文件与元数据。
推荐理由:Ensembl 把多类群全基因组 Cactus 比对集中到统一 FTP 目录,做比较基因组和共线性分析的读者可据此直接取用。
Vamsi Mootha 与 Mitocarta Tree of Life 联盟在 Cell 及 Cell 系列期刊连发 9 篇研究论文和 2 篇观点文章,表征了从 Giardia、Leishmania 到 Arabidopsis 等 6 个物种的线粒体蛋白组。
推荐理由:Mitocarta Tree of Life 联盟在 Cell 系列期刊连发 9 篇论文,系统比较 6 个物种的线粒体蛋白组,并据此提出跨寄生虫药物靶点。
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较,发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上,还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示,古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由:跨九种哺乳动物比较脑内基因调控,把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。