跳到正文
今天10月20日周二3 条
  1. GEN82

    UK Biobank 与 IMU Biosciences 合作启动大规模免疫图谱计划,选用 Ultima 与 Waters 平台

    IMU Biosciences 与 UK Biobank 宣布合作,计划构建迄今规模最大、细节最丰富的人体免疫系统图谱,为 UK Biobank 增加高分辨率免疫数据层。

    推荐理由:UK Biobank 新增免疫数据层,规模从 8 万份血样起步,做免疫与疾病关联研究的人可关注其数据开放路径。

10月19日周一
  1. pharmaphorum78

    UK Biobank 联合 IMU Biosciences 等企业构建大规模免疫图谱

    UK Biobank 与 IMU Biosciences、Waters、Ultima Genomics 合作,计划基于 8 万份参与者血样构建大规模高分辨率人类免疫系统图谱,每份样本将产生超过 1 亿个多组学免疫数据点。

    同一新闻,精选展示《UK Biobank 与 IMU Biosciences 合作启动大规模免疫图谱计划,选用 Ultima 与 Waters 平台》

  2. Nucleic Acids Research60

    HRD 数据库发布 1.0 版,整合人类生殖与发育多组学资源

    人类生殖与发育数据库 HRD 发布 1.0 版,整合了生殖、妊娠和发育相关的公开多组学数据。该版本收录 814 条组学记录,包括 432 条 bulk 转录组、144 条单细胞或单核转录组、156 条表观基因组、52 条代谢组和 30 条蛋白质组记录,另有 702 条临床试验记录、293 条暴露与结局关联和 779 个先证 SNP 及其表型关联。

  3. Cell75

    微生物组-胆汁酸轴介导女性对慢性肝病的保护作用

    Cell 在线优先发表研究,提出一条微生物组-胆汁酸轴介导女性对慢性肝病的保护。由雌激素促进的肠道细菌联合体产生的女性富集胆汁酸 isoUDCA,通过 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号促进肝脏胆固醇处理和胆汁酸代谢,从而减轻慢性肝损伤。

    推荐理由:研究把女性慢性肝病保护与肠道菌群来源的胆汁酸 isoUDCA 联系起来,并给出 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号通路这一机制线索。

  4. Nature Machine Intelligence42

    可复用性报告:多样本组学网络推断受先验知识与数据可得性制约的稳健性区间

    对多样本约束网络推断框架 CORNETO 的可复用性评估显示,多样本推断总体提升稳健性与可重复性,但预测性能增益取决于生物学背景和先验网络的完整性。研究在动态造血与稳定皮层数据集上系统评估四种网络重建范式,并引入 bootstrap 聚合与选择性再扩展策略以提升共识稳健性。结果揭示由样本量、先验知识和正则化共同界定的不同推断区间。

10月18日周日
10月17日周六
  1. Bluesky:Jonathan Pritchard (@jkpritch.bsky.social)40

    Jonathan Pritchard 等提出“性状因果模型”构想人类遗传学下一代方向

    Jonathan Pritchard 分享新文章,提出人类遗传学下一代方向应建立“Trait Causal Models”,把遗传变异与各层级生物学结构中的效应连接起来。

    推荐理由:作者提出用 GWAS、扰动实验与观察性组学构建连接遗传变异与各层级生物学效应的性状因果模型,为人类遗传学下一个阶段给出框架性设想。

10月15日周四
  1. Cell72

    Cell 研究揭示头足类 RNA 编辑对蛋白质组的功能多样化作用

    Cell 在线发表的研究用蛋白质组学检测头足类 RNA 编辑产生的重编码位点,发现单个氨基酸编辑会改变蛋白质稳定性、亚细胞定位、翻译后修饰和细胞器功能。研究指出,鞘形亚纲头足类的 RNA 编辑水平远超其他动物,但其对蛋白质组的功能后果此前大多未知。

    推荐理由:用蛋白质组学直接检测头足类 RNA 编辑位点的重编码产物,把编辑事件与蛋白稳定性、定位和修饰的变化联系起来。

  2. Cell78

    慢性运动多组学图谱覆盖 22 种组织

    研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱,刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应,以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。

    推荐理由:该图谱覆盖 22 种组织,呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异,为研究跨组织分子调控提供参照。

  3. Genome Biology58

    共生 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 鞭毛蛋白经 ILC3/IL-22 轴改善结肠炎相关黏蛋白岩藻糖基化缺陷

    研究发现活动期溃疡性结肠炎患者肠道中 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 丰度降低,且与疾病严重程度呈负相关;在小鼠结肠炎模型中,活菌或其鞭毛蛋白 L. 3–1-57 Fla 可减轻肠道炎症和黏液屏障功能障碍,而 E. coli 鞭毛蛋白反而加重病情。

  4. Cell Genomics60

    多机构基准评测:细胞系混合样本检测低等位基因频率嵌合突变

    Ha 等人用短读长与长读长全基因组测序,对低变异等位基因频率(VAF)嵌合突变的检测策略做多机构基准评测。研究由五家机构构建细胞系混合样本,以 PacBio HiFi 数据交叉验证 Illumina 平台的变异检测结果,据此构建分层参考集、界定现实检出下限,并为非癌组织中低 VAF(<2%)变异的全基因组分析给出最佳实践。

10月14日周三
10月13日周二
  1. Bluesky:Vienna Airway Lab (@viennaairwaylab.bsky.social)33

    132 例 CRSwNP 患者的转录组与鼻腔微生物组联合分析揭示 4 种免疫-微生物内型及激素反应差异

    对 132 例慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)患者整合转录组与鼻腔微生物组分析,识别出 4 种具有不同免疫-微生物特征和类固醇反应的内型。以 Staphylococcus 为主的 Cluster C 对附加全身糖皮质激素治疗的反应最高。

10月12日周一
  1. Genomics, Proteomics & Bioinformatics60

    单细胞多组学揭示系统性红斑狼疮免疫抑制治疗后仍存在的多维免疫失调

    研究用单细胞多组学在真实临床场景下追踪系统性红斑狼疮(SLE)患者接受免疫抑制剂标准治疗期间的免疫组库动态,发现该疗法未能纠正 B 细胞和浆细胞的突变负荷下降,也未能阻止 CD4+ Th1 与 CD8+ 记忆 T 细胞的克隆扩增。作者还将自有数据与已发表的 SLE 数据集整合,构建了约 160 万细胞的 SLE 免疫图谱,并指出这些持续存在的失调可能与该病治疗后高复发率相关。

10月10日周六
  1. Whitehead Institute65

    HHMI 团队构建小鼠发育细胞来源与去向图谱

    HHMI 研究员 Jonathan Weissman、Jay Shendure 及团队开发出新工具,可对发育中小鼠体内大量细胞的来源与去向生成图谱。Whitehead Institute 转述称,这类详细图谱有望帮助科学家定位出生缺陷发生的时间点、追踪癌细胞获得扩散或耐药能力的路径,并更好地引导干细胞成熟为功能性细胞类型。

    推荐理由:这项在小鼠胚胎中追踪大量细胞来源与去向的工作,为研究发育异常和细胞状态转变提供了可参照的图谱思路。

10月8日周四
  1. Ensembl Blog72

    Ensembl 上线全基因组 Cactus 比对集中仓库

    Ensembl 建立全基因组 Cactus 比对集中仓库,在 https://ftp.ensembl.org/pub/misc/compara/multi/hal_files/ 提供鸟类、哺乳动物、昆虫、甲壳类、线虫、禾谷类、鱼类和 SARS-CoV-2 等类群的比对文件与元数据。

    推荐理由:Ensembl 把多类群全基因组 Cactus 比对集中到统一 FTP 目录,做比较基因组和共线性分析的读者可据此直接取用。

10月7日周三
10月6日周二
10月5日周一
10月4日周日
  1. Molecular Systems Biology60

    通量效率与代谢控制的权衡决定酶分配

    研究推导出联系平衡常数 K 与催化丰度商 CAQ 的解析关系,用以界定通路达到最大通量效率的条件。作者整合反应热力学、酶动力学、转录组与蛋白组数据,在进化距离较远的多个物种中比较糖酵解与 TCA 循环的酶分配,发现偏离该关系的部分可由最大化通量效率与集中通量控制之间的权衡解释。

  2. Alice Ting82

    Mitocarta Tree of Life 联盟在 Cell 系列期刊连发 9 篇线粒体蛋白组研究

    Vamsi Mootha 与 Mitocarta Tree of Life 联盟在 Cell 及 Cell 系列期刊连发 9 篇研究论文和 2 篇观点文章,表征了从 Giardia、Leishmania 到 Arabidopsis 等 6 个物种的线粒体蛋白组。

    推荐理由:Mitocarta Tree of Life 联盟在 Cell 系列期刊连发 9 篇论文,系统比较 6 个物种的线粒体蛋白组,并据此提出跨寄生虫药物靶点。

10月2日周五
10月1日周四
  1. Broad Institute60

    跨真核生物线粒体蛋白目录揭示细胞能量工厂的新功能

    Broad Institute 报道,研究人员构建了六种真核生物(五种寄生虫和一种植物)的线粒体蛋白目录,结合已有的人类和酵母线粒体清单,重新审视这一细胞器的功能与演化。该工作揭示了 Giardia 极小的线粒体蛋白组和 Acanthamoeba 线粒体的意外能力,并支持线粒体在真核生物演化中起源相对较晚的观点。结果还指出多种病原体共有、但人类缺失的线粒体蛋白,提示被忽视热带病的新治疗靶点。

9月28日周一
  1. Cell Genomics78

    九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性

    Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较,发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上,还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示,古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。

    推荐理由:跨九种哺乳动物比较脑内基因调控,把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。

9月21日周一
  1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所58

    税光厚团队在 Med 发表猴痘及猴痘-HIV共感染血浆多组学研究

    广州国家实验室/中国科学院遗传与发育生物学研究所税光厚团队与首都医科大学附属北京佑安医院冯英梅团队合作,在 Med 发表论文,整合血浆脂质组、代谢组、炎症因子和外泌体蛋白组,刻画猴痘及猴痘-HIV共感染的脂质-免疫失调与外泌体重塑。

9月20日周日