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用 anndataR 在 R 中原生读取和转换 h5ad
R tips:anndataR用于读取和转换h5ad
AI 导读
生信菜鸟团介绍了 scverse 出品的 anndataR 包,用于在 R 中原生读取 h5ad 并与 Seurat、SingleCellExperiment 对象互转。作者指出,此前常用的 sceasy 基于 Seurat V4、对 scanpy 和 Seurat 版本依赖重,还需完善的 Python 与 R 环境;anndataR 则基于 rhdf5 直接读写 h5ad,不需要 Python 或 conda,这是它相对 zellkonverter、sceasy 的主要优势。
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来源:公众号:生信菜鸟团 · mp.weixin.qq.com
推荐理由
对比 sceasy 与 zellkonverter 的 Python 依赖,给出纯 R 读写 h5ad 的安装与转换写法,并提示版本兼容坑。