使用codex运行rMATS:可变剪切分析与结果可视化
用codex的plan模式在服务器测试数据上跑通rMATS可变剪切分析流程,测试数据取自2019-GSE130955人类皮肤转录组,每组6个样本、每样本截取25000条reads。
用codex的plan模式在服务器测试数据上跑通rMATS可变剪切分析流程,测试数据取自2019-GSE130955人类皮肤转录组,每组6个样本、每样本截取25000条reads。
Excel 会把 SEPT9 这类基因名自动识别成日期,再另存为 CSV 后错误就被固定下来。作者称约 20% 已发表的基因组学论文存在这类基因名错误,并称修正只需 30 秒。
推荐理由:用 SEPT9 被 Excel 转成日期的实例,提醒基因组数据经 CSV 保存后基因名错误会固化,并给出快速修正思路。
Valence Labs 指出,人体内许多分子如同双手一样互为镜像,但镜像并不相同且差异具有生物学意义,其模型即使带手性标签也可能漏掉这一点,因此介绍用 CIP 标签为体内化学分子标注,帮助 AI 工具区分镜像。
tidyomics 项目发布博客,介绍如何在组学数据对象上使用 dplyr 风格的 slice 操作。Bioconductor 3.23 更新为 tidySingleCellExperiment、tidySeurat 和 plyranges 新增 slice_sample、*_head、*_tail、*_min 和 *_max 支持。