CellMarker 3.0 发布：扩充细胞标志物资源并新增空间转录组分析工具
CellMarker 3.0: an updated resource of manually curated and computationally predicted cell markers in human/mouse and interactive web tools for single-cell and spatial transcriptomics analysis
CellMarker 3.0 发布，在人工审编标志物基础上整合了算法预测的细胞类型标志物，并新增空间转录组分析模块。相比上一版本，本次新增 274 个组织、1877 种细胞类型、64 040 个标志物和 1 245 923 条组织–细胞类型–标志物条目；当前版本共收录 930 个组织、4455 种细胞类型和 90 955 个细胞标志物，条目总数达 1 329 284 条。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
数据库新增算法预测标志物与空间转录组分析模块，做细胞类型鉴定的读者可据此了解可用资源范围。
更新后的 CellMarker 3.0 资源（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker）提供了一个全面的资源，整合了经实验验证和稳健算法预测的标记基因，涵盖人类和小鼠组织中的多种细胞类型。此外，还介绍了用于分析单细胞 RNA-seq（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的网络工具。CellMarker 3.0 通过更多数据和新功能进行了更新，包括：(i) 在先前版本基础上新增了 274 个组织、1877 种细胞类型、64 040 个标记和 1 245 923 条组织–细胞类型–标记条目。当前版本包含 930 个组织、4455 种细胞类型和 90 955 个细胞标记，共计 1 329 284 条组织–细胞类型–标记条目。(ii) 将资源扩展至包含由六种算法计算预测的细胞类型标记，即 Spapros、Seurat::FindAllMarkers、SEMITONES、Cepo、CelliD 和 COSG。(iii) 整合了来自 168 种测序技术（如 CEL-Seq2 和 SNARE-seq）的新标记信息。(iv) 涵盖 35 种细胞标记类型，包括蛋白编码基因、rRNA 和假基因。(v) 细胞工具模块进行了全面重构和升级，原有的六个 scRNA-seq 分析模块得到系统优化，并新增了两个空间转录组学模块：Spatial Expression 和 Spatial Chat。CellMarker 3.0 是一个整合细胞身份鉴定、单细胞转录组学和空间转录组学分析的宝贵资源。